「期待通り動いたらどうなるか」の、「入力」と「出力」の具体例を挙げると良いかと思います。
・動かない例
・期待と違ったスクリプト
のみ掲載されていても、結局なにをしようとしていたのかを想像するのは困難です。

以下のような動作と言うことでしょうか？(あくまでもイメージです)
$ echo '31,32,41,42,43' | (なんかコマンド)
12ABC
$
上記のような動作だとすると、多少調整が必要ですが、最初ので、ほぼ正しいはずです(動作未確認)。
echo '93D33C62A9' | perl -lne 'print pack("H*", $_)'

# US-ASCIIには、00～7Fまでしかないので注意。UTF8やShiftJISなど、別のキャラクターエンコードを想定していて、それが実行している環境のキャラクターエンコード(例えば、日本語版のMS-WindowsならShiftJISモドキのCP932とか)と異なる場合は、(人間が読めるように表示するには)変換が必要です。
echo '3132414243' | perl -lne 'print pack("H*", $_)'
と試して、
12ABC
と表示されれば、(US-ASCIIに限定すれば)方法は正しい　ということになります。

sony5614 による投稿:

12ABCとは表示されますね。
echo '93D33C62A9' | perl -lne 'print pack("H*", $_)'
をした場合はなぜか
��<b�
と映ってしまいます。

であるなら、あなたが試しているキャラクターエンコードの環境では、その文字がが該当するということになります。
それ以上のこと(前提やどうなるはず　といったこと)は、なにも書かれていないので、判りません。
試す/調べるとしたら、
・キャラクターエンコードを正しいものに修正する(なにが正しい(はずの)ものなのかは、本人にしかわかりません)
・本当にデータに誤りがないのか、確認する(もとのデータを知っている、本人にしかわかりませんし、他の人がすることも出来ません)
・本来、人間が読める文字（読むための文字コードのデータ)だったのかどうか　を確認する(もともと読めるように作られて無いなら、どうやっても読めません。)
・元データを取得する際に、変化してしまっていないかを確認する。
あたりになるかと思います。

結局のところ、元のデータの出ところや、どう使われていたものなのかを総合的に判断して、どうすれば欲しかった形にできるのかを判断するしかありません。

文字の確認も含めて0からもう一度やり直して見ます。

別解

予想される文字コードを標準のUTF-8に変換してみる
（CentOS5での結果ですので、Ubuntuとは一部異なる場合があります
$ echo '93D33C62A9' | perl -lne 'print pack("H*", $_)'|iconv -f CP932 -t UTF-8
噸<bｩ

..<b.
と映りますね。

例えば#12で言う所の右の窓に、文字を入力すれば16進数で表示されます。
Ubuntuと入力すると 55 62 75 6E 74 75 と対応する値が表示されますが、任意の文字の値を調べたいのでは無く93 D3 3C 62 A9 を何らかの文字列に変換したいのでしたら#12はお望みの解答ではないようですね。