はじめまして。
digitalPersonaの「U.are.U 4000B Reader」というUSB指紋リーダーが投売りされていたので
購入し試してみました。環境はubuntu9.10です。ThinkPadもlibfprint対応機種であれば
同様の手順でできるかもです。

1. 指紋リーダーの確認
$lsusb

2. ライブラリ、ツール等のインストール
$sudo apt-get install fprint-demo libfprint-dev libfprint0 libpam-fprint

3. 一旦再起動
$sudo reboot

4. GUIで指紋登録
$fprint_demo

5. 指紋認証用グループ（plugdev）を作成し、そこに$USERを追加
$sudo usermod -a -G plugdev $USER

6. 確認
$groups | grep plugdev

7. PAM設定ファイルのcommon-authをバックアップ
$sudo cp /etc/pam.d/common-auth /etc/pam.d/common-auth.orig

8. PAM設定ファイルのcommon-authを編集
$sudo vi /etc/pam.d/common-auth

9. パスワード認証(pam_unix.so)の設定行をコメントアウトし、指紋認証(pam_fprint.so)の設定を追加
auth    [success=1 default=ignore]  pam_fprint.so   #指紋認証
#auth    [success=1 default=ignore]  pam_unix.so nullok_secure  #パスワード認証

10. 以降、これまでPAMのcommon-auth設定ファイルをインクルードしてパスワード認証を行っていた手続きが
指紋認証になります。（ログイン、Synaptic、アップデートマネージャ、sudo、ディスクのマウント等）

11. 登録した指をけがしたら、リカバリーモード、あるいはライブCD等で起動し、設定ファイルを
パスワード認証に戻し再ログイン。fprint-demoで別の指を登録。再び設定ファイルを指紋認証へ。


私の環境では、実機、VirtualBox上のUbuntuともに、とりあえず意図した通りに動作しています。
それと、Fedora（11以降かな？）ではlibfprintによる指紋認証ログインが標準でお膳立てされているので
さくっと動作確認できると思います。