設定エディタで /apps/panel/toplevels/bottom_panel_screen0 以下の orientation, y, y_bottom などの値を見てみると解決の糸口にはなるんじゃないでしょうか。
### 設定エディタでの編集作業のリスクは十分留意して下さい。###
上になってしまう => orientation値が top とかになってませんか。

画面：800x600、テーマ：Human（ポインタを変更した程度）/Ubuntu 9.10 で試した結果、y : 573 で y_bottom を 2 から 573 に変更して動作させると、orientationの値が勝手に（自動）で top に変更されました。この辺りの設定値を色々変更していたら、デスクトップが表示できなくなりました。

私自身、設定値の意味とか理解しているわけではないのです。試す場合は回復方法を事前に考えた上で行なって下さい。（Live CDで起動して設定ファイルを書き戻すとか実験用ユーザーを作成して失敗したら捨てるなど。）

Ubuntu 9.10をインストールしたUSBが一つあったのを忘れてました。
それでやってみたらうまくいったのですが、bottom_panel_screen0という名前になってました。
私のメインに使っているUbuntu 9.10はpanel_0という名前です。
なぜでしょうか?
もしものことを考えてまだメインのUbuntuの方は値を変更してませんが

画面が1366×768で
x                     368
x_righ              -1
y                     743
y_bottom          1
でうまくできました。
ありがとうございます。