http://mandy0110.exblog.jp/9698659/
の写真にあるように、メニューバーは表示されていて、デスクトップの部分だけが真っ黒になっている状態という理解でよろしいでしょうか。
直感的にはfglrxドライバがおかしなことをしているような気がします。
例えば視覚効果をなしにしてみたり、fglrxドライバを削除して、radeonドライバで動かす設定にしてみたりすると状況が変わるか確認してみてはいかがでしょう。
これで正常に動作するようになった場合は、fglrxが怪しいので、そちらのハードウェアにあったオープンソースなドライバ(radeonもしくはradeonhd)を導入すればよいかと思います。

メニューのシステム管理だったか、どこかにハードウェアドライバという項目があるかと思います。
それを起動して、FGLRXドライバを削除して下さい。
次に、パッケージマネージャを起動して、
xserver-xorg-video-radeon
xserver-xorg-video-radeonhd
をインストールして下さい(もしインストールされていなければ)。
そして、fglrxで検索して、もし、fglrx関連のパッケージが残っていれば削除して下さい。
それから再起動すればおそらくradeonドライバで起動するかと思います。
この状態で不具合が再現するか確認してみて下さい。
もし再現すれば申し訳ありませんがドライバの問題ではなかったことになります。

再現しなくなれば確定ではありませんが、ドライバの問題の可能性が高いと考えます。
この場合、(そちらのデバイスが想像していたのより新しく)radeonドライバでは3D機能が使えなくなり、結果、視覚効果が使えなくなります。
http://cgit.freedesktop.org/xorg/driver/xf86-video-radeonhd/plain/README
https://help.ubuntu.com/community/RadeonHD
http://www.x.org/wiki/radeonhd#SupportedHardware
あたりの情報からすれば時期のUbuntu10.04(LTS)ではradeonhdドライバで3Dが有効化できそうなので、少し待ってそちらに以降するか、8.04->8.10->9.04->9.10とアップグレードを繰り返し、最新のfglrxドライバを使うようにするのが次善策かと思います。

ちなみにご参考までですが、私のPCにはRadeonHD4200(on board)がのっており、9.10でfglrxで3Dが正常に稼働しています。
また同じPCに10.04 alpha(今日beta相当になったかも)もインストールしていますが、こちらはgit版のradeonhdドライバで3Dが正常に稼働しています。

アップグレードしてしまいましたか。
もし、グラフィックドライバの問題(が疑わしいのか)か確認の切り分け実験(radeonドライバで動かしてどうだったか)をされていれば参考に結果を投稿いただければ嬉しいです。

なぜかradeonドライバで動かなかったようなので、xorg.confで明示的にディスプレイの解像度設定を書いたり、radeonドライバを使用するように設定すればよかったかもですね。
画面が真っ暗になる状態からは抜けたと考えてもよいでしょうか。

ともあれ、現在は不具合なく動いているようでよかったです。