TATと言います。
自宅のLANおよび外部からのファイル共有のためにファイルサーバーを構築しています。(マシンはeeepc 4G)
外付けのUSB HDDをファイル保管場所とし、主としてリモートアクセス(Open SSH)でファイル管理を行っています。
先日、サーバーのOSをubuntu 9.10デスクトップエディションとは別にSDHCカードにubuntu9.10サーバーエディションをインストールしたところ、共有ファイルを保存するディレクトリ(/media/disk/pub)の所有者がユーザーではなく、rootに設定されていて、読み込みはできますが、書き込みができない状態になりました。

ls -l /media/disk
drwxr-xr-x 6 root root 16384 2010-03-21 19:16 pub

対処1
sudo chmod -R 777 /media/disk
としましたが、実行後もパーミッションは上記のままで変更されません。

対処2
sudo chown -R username /media/disk
としたら
Operation not permitted
とエラーメッセージが返ってきます。

デスクトップエディションでは所有者はuser名になっていますので、読み書きとも可能ですが、サーバーエディションではなぜrootになるのか、また変更ができないのかよく分かりません。

対処法を探していたらファイルシステムの問題ともありましたがよく理解できていませんでした。
fdiskコマンドの結果を以下に示します。/dev/sdc1と/dev/sdc2が外付けHDDでのディレクトリです。
/dev/sda*は本体のSSDにインストールしているubuntu9.10のデスクトップエディションです。
/dev/sdb*は今回SDカードに導入したubuntu9.10のサーバーエディションです。
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username@eeepc:~$ sudo fdisk -l
[sudo] password for username:

ディスク /dev/sda: 4001 MB, 4001292288 バイト
ヘッド 255, セクタ 63, シリンダ 486
Units = シリンダ数 of 16065 * 512 = 8225280 バイト
Disk identifier: 0x1483b3e5

デバイス ブート     始点        終点    ブロック   Id システム
/dev/sda1   *           1         457     3670821   83  Linux
/dev/sda2             458         486      232942+   5  拡張領域
/dev/sda5             458         486      232911   82  Linux スワップ / Solaris

ディスク /dev/sdc: 160.0 GB, 160041885696 バイト
ヘッド 255, セクタ 63, シリンダ 19457
Units = シリンダ数 of 16065 * 512 = 8225280 バイト
Disk identifier: 0x9f6e9f6e

デバイス ブート     始点        終点    ブロック   Id システム
/dev/sdc1            6422       19457   104711670    b  W95 FAT32
/dev/sdc2               1        6421    51576651   8e  Linux LVM

領域テーブル項目がディスクの順序と一致しません

ディスク /dev/sdb: 8239 MB, 8239710208 バイト
ヘッド 255, セクタ 63, シリンダ 1001
Units = シリンダ数 of 16065 * 512 = 8225280 バイト
Disk identifier: 0x000eff01

デバイス ブート     始点        終点    ブロック   Id システム
/dev/sdb1   *           1         952     7646908+  83  Linux
/dev/sdb2             953        1001      393592+   5  拡張領域
/dev/sdb5             953        1001      393561   82  Linux スワップ / Solaris
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対処方法をご存知の方がおられたらご教示いただければ助かります。