みなさま

　てらきんです。今回、表題の件で格闘してしまいまして、皆様のお知恵をお借りしたい次第です。
　やってみたことは、(サポート外ではありますが)ATOK X3 for Linuxを、Ubuntu 9.10の64ビット版へ導入してみるというものです。
　導入に際しては、
　　http://am112705.blog.so-net.ne.jp/2009-11-13
　　http://hasumi.info/~h2/2010/02/02/atok-x3-for-linux%E3%82%92ubuntu-9-10-karmic-koala-x86_64%E7%89%88%E3%81%AB%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%82%B9%E3%83%88%E3%83%BC%E3%83%AB/
　を参考に、以下のように実施しました。なお、ia32-libsは既に導入済みでした。

# export LANG=C
# touch /etc/gtk-2.0/gtk.immodules
# bash ./setupatok_tar.sh
This software is furnished under an end user agreement and may be used
or copied only in accordance with the terms of such license.
If you accept the terms of the license agreement,Please select "Yes".
If you do not accept the terms of the license agreement,Please select "No".
? (yes/no)yes　←入力
Input path of gtk-query-immodules-2.0 for 64bit application:
/usr/bin/gtk-query-immodules-2.0　←入力
Input path of gtk.immodules for 64bit application:
/etc/gtk-2.0/gtk.immodules　←入力
…
"/etc/gtk-2.0/gtk.immodules" will be changed.
"/etc/gtk-2.0/gtk.immodules" will be changed.
tar xfz /home/hide/Download/ATOKX3/bin/tarball/ATOK/atokx-20.0-1.0.0.i386.tar.gz
tar xfz /home/hide/Download/ATOKX3/bin/tarball/ATOK/atokx-64-20.0-1.0.0.x86_64.tar.gz
Installation has been completed.

# cd bin/tarball/IIIMF
# tar xzvf iiimf-client-lib-trunk_r3104-js3.i386.tar.gz
# tar xzvf iiimf-protocol-lib-trunk_r3104-js3.i386.tar.gz
# mv ./usr/lib/* /usr/lib32/

# wget http://ftp.ussg.iu.edu/linux/ubuntu/pool/main/t/tcp-wrappers/libwrap0_7.6.q-18_i386.deb
# dpkg --fsys-tarfile libwrap0_7.6.dbs-14_i386.deb | tar xf -
# dpkg --fsys-tarfile libwrap0_7.6.q-18_i386.deb | tar xf -
# mv ./lib/libwrap.so.0* /usr/lib32/
# /sbin/ldconfig

# tar xzvf atokx3up2.tar.gz
# cd atokx3up2/bin/ATOK/
# tar xzvf atokxup-20.0-3.0.0.i386.tar.gz -C /
# cd ../IIIMF/
# tar xzvf iiimf-server-trunk_r3104-js3.i386.tar.gz --exclude='./usr/lib' -C /
# tar xzvf iiimf-server-trunk_r3104-js3.i386.tar.gz ./usr/lib
# mv ./usr/lib/* /usr/lib32/

# tar zxf iiimf-gtk-64-trunk_r3104-js3.x86_64.tar.gz -C /
# tar zxf iiimf-gtk-trunk_r3104-js3.i386.tar.gz --exclude='./usr/lib' -C /
# tar zxf iiimf-gtk-trunk_r3104-js3.i386.tar.gz ./usr/lib
# mv usr/lib/gtk-2.0/immodules/* /usr/lib32/gtk-2.0/immodules/

# sudo bash /opt/atokx3/sample/setting_debian4.sh

　…ここまで実施し、ログアウト後再度ログインの上、起動してみたのですが、日本語システムはibus-Anthyのままです。念のため、

　　sudo update-alternatives --config xinput-ja_JP

　も実施してみましたが、

There are 2 choices for the alternative xinput-ja_JP (providing /etc/X11/xinit/xinput.d/ja_JP).

  Selection    Path                          Priority   Status
------------------------------------------------------------
* 0            /etc/X11/xinit/xinput.d/iiimf  90        auto mode
  1            /etc/X11/xinit/xinput.d/ibus   60        manual mode
  2            /etc/X11/xinit/xinput.d/iiimf  90        manual mode

Press enter to keep the current choice[*], or type selection number: 2

　という形です。ちなみにこれでどれを選んでログアウト・ログインを繰り返しても、結局ibusが立ち上がっています。
　ATOK X3をアンインストール(マニュアルにある通り、setupatok.sh -u)しても同じで、さらに/etc/X11/xinit/xinput/iiimfを削除して再度ATOK X3をインストールしても同様、ということになってしまいました。

　元々相手が64ビットシステムなので入れるのにはかなり無理があるところではありますが、導入されているのは確かなようですし、成功例もあるようですから、できれば何とか入れられればうれしいと思っています。

　何かヒントなどがいただけるとありがたいです。皆様のお知恵を拝借したいと思っております。
(追)　一応ジャストシステムさんにも質問してみましたが、やはり対象外ということで、手がかりは得られませんでした。