亀レスで申し訳ないですが、ヒントにでもなれば…
6.10では/usr/share/X11/fonts/miscにfonts.dirが入っていないため、
mplusフォント、およびshinonomeフォントが普通に設定しただけだと見えないです。
hiroさんがemacsにどのフォントを使っているかはaliasなんかもあるので判りませんが
使っているフォントの実体がmplusもしくはshinonomeの場合は
アプリケーション側からのフォント設定は全く無視された状態になる模様。
とりあえず
$ cd /usr/share/X11/fonts/misc
$ sudo mkfontdir
して、Xを再起動してみるとどんな感じでしょうか。

追記。
http://linux2ch.is.land.to/index.php?InstallationUbuntuLinuxFAQs%2FTips#z070a5b1
こちらにあるmltermの設定がEdgyではまともに動かないのも上をやれば解決します。