おそらくJailbreakしないと手が出せません（保証外になりますが）。

で、JailbreakするにはiPod touchの初期認証を通してないと
手が出せなくて、初期認証するにはWindows or Macが必須という感じ
なので、現時点ではUbuntuだけではどうにもならないと思います。

さらに、VMwareあたりでつなごうにも、VMwareのUSBは1.1なので
iPod touchには繋がらない（USB2.0必須）という茨の道です。

しばらくすると状況が変わるのかもしれませんが、現状では厳しいの
ではないでしょうか。