その現象は、インストール直後から発生しているんでしょうか？
それとも、最近そういう不具合が起きるようになったんでしょうか？
｢落ちる｣際に、何かエラーのダイアログとかが出たりしますか？
細かいファイルの内容は具体的にどんなものでしょうか？どのような種類のファイルか、と言うことで良いですが。
コピー元のデバイスとコピー先のデバイスは違いますか？

>　数万個で6GB程度なら経験が有りますが、問題は見られなかったです。

↑嘘。思い出しました。
コマンドで複数に分けて同時に実効、暇だったのでコピー先のウィンドウを眺めていたのをGUIからコピー操作したと記憶違いでした。
GUIからのコピーでの挙動は解りません、すみません。

みなさま、アドバイスいろいろありがとうございます。
状況ですが、
何もダイアログはでず、開いていた２つのウィンドウがデスクトップの表示から消えてしまいます。

2ヶ月位つかってますから、直後ではありません。その大量ファイルをコピーしたのは始めてなので、インストール直後にできたかどうかは不明というか経験なしです。

ものは、200byteから数百キロバイト程度の.png データです。地図のキャッシュのようなものです。

デバイスは別です。

nautilus ってどこかに、ログはいたりしてますでしょうか？