あまりに昔の記憶なんですが、Windows98って起動フロッピーが必要じゃなかったかなあとほのかな思い出があるんですが…。
CD-ROMからブートはできないんじゃなかったでしたっけ？

今ではもう使用してないWindowsで、昔PCにインストールされてたこともあったかどうかわかりませんが、
今ではそのPCは確実にこの世にないと言いきれるのでライセンス的には問題ないと思います。
ライセンスキーもCDケースに貼ってあります。
あと、実用ではなく実験用です。

SE ではなく、最初の 98 でも CD-ROM ブートは出来ます。
単純にオプションの指定が間違ってるとかじゃないのでしょうかね？

取り敢えず下記のようにやってみたところ、

petit@petit-laptop:~$ qemu  -localtime -cdrom /dev/cdrom1 -m 384 -boot d qemu-win98.img

下記のように怒られましたが、

open /dev/kvm: No such file or directory
Could not initialize KVM, will disable KVM support

問題なくインストーラは起動し、今、インストール作業しています。
これを書いてる現在、その途中なので、最後まで上手くいくのか確認してませんが・・・。
kvm って、マザーボードに依存するんでしたっけ？
頓珍漢でしたら済みません。

当方では iso ファイルではなく、物理ドライブから直接起動していますが、根本的な違いは無いと思います。

すいません。同梱のマニュアルを確認すると、どうやらFDがいるようです。
QemuがFDドライブを認識してくれないので、FDをFDイメージとしてHDにコピーし、そこから起動すると、
ちゃんと起動してセットアップ画面までたどりつきました。
さて問題はここからで、
hdaにvmdkファイルを指定して起動した場合、

ハードディスクの読み取りまたは書き込み処理中に、
エラーが発生しました。

と怒られてしまいました。
HDのイメージファイルとしては、どのような形式の(imgとかvmdkなど)ファイルを用意し、
どのように、そのファイルを指定したらいいんでしょうか。
なお、操作はコマンドではなくGUIでやってますので、
コマンド操作が必要である場合、どのようなコマンドでqemuを操作したらよいのか、
それらも含めてご教示ねがいます。

イメージファイルの種類としては、raw、qcow、qcow2、vmdk などが指定出来たと思います。
他にもあったかも・・・。
特に指定しなければ raw フォーマットになるはずです。
これはどのエミュレータでも読み込める形式なので、まずは、raw で上手くいくか確認してみるのが良いかもです。

VMWareもインストールしてあるのですが、
   

Your processor does not support PAE, which is required by VMware Player.  Cannot continue.

と怒られます。
実は、X40のCPUであるpentium M がPAEに対応してないので、利用できないんです。
私としてもVMWareを使いたいんですが...

これは、VirtualBox でも同様なんでしょうか？

無事、インストールを終えることができ、起動に成功しました。
ディスプレイドライバのインストールができてないなど、若干の問題はありますが、普通に使えてます。
今回の件は、いろいろと勉強になりました。
petitbootangさんををはじめ、みなさまありがとうございました。

qemu はいろいろ遊べて、それはそれで面白いのですが、実行速度に問題があるでしょう。
アクセラレータである kqemu をインストールしても、実際そんなに変わりません。
CPU が PentiumM と言うことならなおさらだと思います。
VirtualBox が動いて何よりでした。