ちょっと同様の現象は見つけられなかったのですが、x3100 との相性がいまだに良くないのでしょうかね・・・。
ちなみに、全然関係ないかもですが、視覚効果が有効になっている場合は、切ってみた場合どうでしょうか？

　追加情報
　表示画面を良く見ると、半角の文字が全角で表示されているように見えます。

　チェックすべきフォルダの候補が左側に表示されますが、「ダウンロード」とか「デスクトップ」など
Ubuntuが作成した全角文字のフォルダ名の文字サイズと、半角のフォルダ名の文字の大きさが
同じように見えます。つまり、半角であるべきアルファベットや数字のみが全角文字のように大きく
表示されているように思えます。半角／全角の文字コードを判定する部分に問題があるのかな？
と思えます。

　こんにちは、petitbootangさん
　はい、正常に表示されるようになりました。有難うございました。また一つ知識が増えました。
どういうわけか、枠も自由に設定できるようになりました。^_^v

　こういうことは諦めずにここに相談すべきですね。でも、こういった情報は、どこかに書いておくと
便利でしょうねえ。
　あるいはデフォルトでインストールしておくとか。otf-ipafontを使わなければならないアプリや
ツールがあるとすれば、そういうわけにはいかないでしょうけれど。