pc944さん　　アップデ−トではなく、
Ubuntu9.10等へのアップグレ−ドを実行されているときと推察します。
キ−ボ−ドの選択は、Generic 105-keyで問題ないです。
現に私のPCもUbuntu9.04から９．１０にアップグレ−ドし、システム　→　設定　→　キ−ボ−ド　にて
レイアウトをクリックしても、Generic 105-key (Intl) PCが設定されています。
私のキ−ボ−ドは日本語１０９ですが、動作に不具合はありません。
何故、選択しに日本語１０９が現れないかは、疑問符として頭から離れないと思います。

要は、動作すればいいので、理屈は諸先輩のコメントを待ちましょう。
私の力量を凌駕していますので。。。