Kobo-yoさん
私はThunderbirdを利用しています。複数アカウントでちゃんとメールboxが別々になっていますが。。。
質問の意味が把握できませんと言うか、理解できません。
「すべてのフォルダ」のところに、例えば私の場合、
　****_gmail と　so-net_mail として別々に、受信トレイから迷惑メ−ル、ゴミ箱、等がありますが。。。
具体的に、どの様な仕様を望まれているのですか?
Evolutionでも問題なく別々にアカウントが管理できますが。。。

Thunderbirdの場合、

1. スマートフォルダをオフにする（Thunderbird 3のみ）
　[ヘルプ]->[設定変更ガイド]->[スマートフォルダ]で新機能を使用しないを選択
2. 共通受信トレイを使わないようにする
　[編集]->[アカウント設定]->各アカウントの[サーバ設定]->[詳細]で共通受信トレイではなく[このサーバアカウントの受信トレイ]を選択する

でメールアカウント毎に受信トレイが作成されます。