ロジック上は失敗してWindowsが起動不能になる可能性はありません。

システム→システム管理→USB Startup Diskの作成で作成する場合は、HDDへの影響はありません（書き込み先を間違えてHDDにしたら話は別ですが、リムーバブルデバイスとしての属性を持っていない限り選択肢に出てきません）。

ただ、Windowsと併用する場合は仮想マシンを使う方が良いような気はしますが、そのあたりはいかがでしょうか。

Chakiw5さんが行う方法で起動したUbuntuは通常にインストールしたUbuntuとは違う物となります。
もし、この辺が混同されている場合は参考にしてみて下さい。

　　　　          　　　　　[.isoファイル　CD用のデータ]
                                        |
                                        |
                     |------------------|------------------|
　　             [CD-R/Wに焼く]    [雑誌の付録等]    [USBメモリにコピー]  
                     |                  |                  |
                     |                  |                  |
[インストール機能付き 1CD-Linux(CD/DVDで起動出来る)Ubuntuではスタートアップディスクとも言う]
                                    \   |   /                          |          
                                     -------           [Chakiw5さんが行おうとしている方法]
                                        |                              |
                                    [Ubuntu起動] -----------------------   
                                　 [インストール]  
                                        |
               |------------------------|---------------------------|
       [HDDにインストール]　   [USBメモリにインストール]　[wibiを使用したインストール]
               |                        |                           |
     [場合によっては拡張ボタンを必要とするインストール方法]   [Windows上に仮想HDDを作りインストール]

Chakiw5 による投稿:

またUSBスタートアップディスク作成はUSBへのインストールとは言わないのでしょうか？

ダウンロードしたUbuntuのisoイメージをCDーR/RWに焼いたのがライブCDで、そのライブCDから　https://wiki.ubuntulinux.jp/UbuntuTips/UsbInstall/CreateUSBStartupDiskの手順でUSBにisoイメージを取り込んだものがUSBスタートアップディスクです。言い換えるなら後者は、ライブUSBということになります。
もっと分かりやすく云うと、最近よく出回っているネットブックなどは価格と機能を抑えている為にマルチドライブ等を省いています。従って、CD-ROMからブートすることは外付けづけドライブを増設する以外には、そのままでは不可能です。
そこで、USBフラッシュメモリー等を使って起動するために前者の方法を用いてisoイメージをUSBフラッシュメモリーへ焼き込み、それを使ってisoイメージを起動しようというものです。

これらのことから、内臓メディアおよびUSBメディアへのクリーンインストールということではありません。
もしも、クリーンインストールをお考えでしたらライブCD及びライブUSBを起動後に

デュアルブートの方法（旧バージョンを例にしてあるようです。）

USBフラッシュメモリー等を用いたデュアルブートの方法

これらの作業を行えば各種メディアへのインストールが可能です。
尚、後者のリンクの方が画像が新しいので参考になると思います。
また、インストールにおいての作業はどちらも同じでGRUBのインストール先に注意してください。

tncさんhir0さん（すみませんhiroさんでなかったですね・・・）

そうかisoイメージの起動ですか・・・・うぅぅぅ難しいな

たしかにそう言われるとWindowsのクリーンインストールって言葉を
良く使いますが、今回のUSBスターアップディスクはちょっと違っていますね。

でもいろいろありがとうございます、これから少しづつ頑張って勉強していきますし
またこれからいろいろ触っていけばきっとその違いがより明確になっていくと思います。

まずはUbuntoを触ってみることにします

Chakiw5さん、無事インストール出来おめでとう御座います。Ubuntuのよい所、こんな素晴らしいOSが無償で利用できる点は最大、文字の表現は感嘆ものです、視力の低下の著しい高齢者には
有難い存在です。
多分お気づきと思いますが、Windowsと比較し起動・シャットダウンが早い、Vista搭載のlenovoにubuntu9.10をインストールしたところ起動・シャットダウンが劇的に早くなり驚いています。
メインマシンはWindowsXp・Ubuntu9.10・Ubuntu10.04のトリプルブートにし10.04はSSDにインストールしたらデスクトップが表示されるまで、約１０秒となり満足出来る結果がえられました。
コマンドを一字一句打ち込み結果をみる点です。

　こんにちは、Chakiw5さん。

　私の昔からの友人の間で運営している掲示板で3月ころに話題になりましたので、
立ち上げ時間の比較を書き込んだ内容の一部です。

>　普段、自宅でメインとして使用しているノートパソコン（ThinkpadX61）の
>立ち上げ時間を測って見ました。
>
>　Power on 　　　→　ブートマネージャ表示　　　９秒
>　ブートＯＳ選択　→　ユーザー選択　　　　　　２６秒（Ubuntuを選択）
>　ユーザー選択　　→　ＯＳの立ち上げ完了　　　　７秒
>　　　　　　　　　　　　　　　計　　　　　　　４２秒
>となりました。キー入力時間を含めると４５秒程度ということになります。
>
>　同じマシンでWindowsXP を立ち上げた場合
>
>　Power on 　　　→　ブートマネージャ表示　　　９秒
>　ブートＯＳ選択　→　ユーザー選択　　　　　　４３秒（ＸＰを選択）
>　ユーザー選択　　→　ＯＳの立ち上げ完了　　　５２秒
>　　　　　　　　　　　　　　　計　　　　　　１０４秒
>となりました。キー入力時間を含めると１０６秒程度ということになりました。     
>
　Windows にインストールした（過去も含めて）アプリケーションの有無、数にも
よると思いますが、ダブルブート環境での一例としてください。

　もうすぐ10.04 がリリースされますが、これの立ち上げ時間が劇的に早くなった
との噂がありますので、期待しています。今までは持ち歩く間「サスペンド」として
いましたが、もし、立ち上げ時間が20秒を切るようにでもなれば、持ち歩いている間
は「電源断」とするような運用にしようかと思っています。その方がバッテリーの持ち
が良くなると期待できますのでね。

prairieさん、すみません文字を書いてENTEREキー押したら送信されてしまいました
書きかけ出し、字が間違っているまま載せてしまいました、すみません。

寄与率が大きいの間違いでした。

今手元に起動しない昔のSHARPのMURAMASAがあるんですが、なんとか修理して
Ubunto専用マシンにして試したいと思います。