PC: Fujitsu PRIMERGY TX100 S1 E5200 モデル
メモリ: DDR2 6400 1GBx2
HDD1 (sda): ATA ST3160815AS (Seagate 160GB Linux ext3 1.0 0x83 ブート可 SATA Port 1 に接続) → 見えない方
HDD2 (sdb): ATA ST3500320AS (Seagate 500GB Windows7 HPFS/NTFS 0x07 ブート可 SATA Port 3 に接続) → 見える方
...と同一構成の PC が２台あり、どちらも同じ現象です。
(HDD 情報は Ubuntu 10.04 のディスク・ユーティリティで表示されるものです。GParted からも見えます。インストール CD からのみ HDD1 が見えません。)

BIOS で触った箇所は、デフォルトが RAID オンだったのをオフにしたのと、その際 AHCI をオンにしたのが関係箇所っぽいです。

２台間で差があるのは (関係なさそうなものばかりですが)...
一方がオンボード有線 LAN + ATI Radion HD4550 ＋ SB5.1 + 内蔵 メモリカードリーダ・ライター
もう一方が USB 無線 LAN PCi GW-USMicroN ＋ NVIDIA Geforce 7600GS ＋ SB Audigy

後は標準状態です。

＃＃＃ 追記注意 ＃＃＃
このときは、たしか、UbuntuをAltenateCDでインストールしたのを思い出しました。
ー＞ Ubuntu専用機だったので、UbuntuをAltenateCDでインストールしたのを思い出しました。
＃＃＃＃＃
AltenateCDでは、Grubを、PBRにインストールするのは、Debianインストーラに関する知識が必要です。
（私は有りません）

参考になるかどうか、9.10の時に思うとうりの順番に構成できず（認識しないHDDが存在）苦労したときが有りました。認識しないHDD（パーティション）のファイルシステムをext4からntfsに変更したらしっかり認識
するようになったことがあります。
使用しているPCはDELLのワークステーションでIDEデバイス×２、SATAデバイス×４の構成です。
ubuntuのインストーラは自分のファイルシステムの衝突を避けるためとっている処置のような気がします。

LiveCD からインストールしようとしたのですから、きっと HDD はマウントしていないと思います。インストーラの中で何してるかまで把握はしていないので断言はできませんが。
また、HDD は 2つあって、一方はインストーラから認識されています。
特に残りの一方をマウントする (かつ認識される方を特にマウントしない) ような操作はしていません。
AHCI オンが悪さしてるのかと一瞬疑ったりもしたのですが、何せ HDD が 2つあって一方正常ですから原因ではなさそうだと類推してます。
ただ、ext3 のままだとインストーラから認識されないかも... というのは思いつきませんでした。
もしそうなら、Ubuntu では、クリーンインストールより HDD に置いたままバージョンアップすべしという明確な意志を持っていることになりますので、あまりそれに逆らわない方が吉かも知れませんね。
(でも黙ってインストール先プルダウンに登場しないのは反則だと思いますし、9.04 ではインストール先として選べたのに...)
ちなみにクリーンインストールしようというのですから、データは退避 (Windows7 の領域へ) してからやるつもりではおります。

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ありがとうございます。

ちょっと仕事の方でふさがっておりましてすぐ試してみることができませんが、当方サーバー機のワークステーション転用で、最初から入っていた HDDでの現象、BIOS デフォルトは RAID Oｎ ということで非常に条件が一致する合点がいく情報です。
きっとこれで解決すると思います。

サーバー機のクセのある仕様 (と言ってもたいしたことはないのですが) に対し、それなりにこなせてきたと思っておりましたが、まだあったのかという感じです。

サーバー機も基本普通の PC という点について認識は変わらないですが、ちょっとした違いで色々なことがあるのだなぁとあきれるやら感心するやら...

まぁ勉強になったと前向きにとらえたいと思います (ご迷惑おかけしてこの言いようはないとおっしゃる向きもあるかと思いますが)。

ここに出入りしている皆様に感謝です。またよろしくお願いします。