以前はパネルを追加して一つ一つアプリを登録していましたが、パネルを含む全ての状態を初期値に戻す方法がある用です。
https://forums.ubuntulinux.jp/viewtopic.php?pid=50567#p50567

ちなみにパネル上で右クリックして「パネルに追加」を選択すると、他にも色々出てきて楽しいですよ。