問題は、古いマザーボードだとbios levelで対応していません。
しかし、これもHDDメーカーがドライバーを提供してくれていますので、一応は対処はできます。

そのためWindows環境において、普通ならサポートされてないHDDは、相当苦労して導入しなければなりませんが、
Ubuntuの場合は、自動的に認識してくれて、それなりのモジュールが組み込まれるようです。
何ら支障なく動作します。心配は皆無と思ってください。

なんか、デタラメな気がするのですが。
BigSectorドライブは物理的には4KiB/セクタで、ソフトウェア側のインターフェイスでは、512Byte/セクタのドライブです。
問題は、物理的なセクタが、減少することで記録密度やセクタ管理自体を減らせる物の、実装と、インターフェイスに齟齬があるため、パフォーマンスが512Byte/セクタを前提としていて、且つ、小さなアクセスがあるとがた落ちするという物です。
正しくやりとりがされていれば良いのですが、ここに書かれている返事は実際の実装と食い違い何かの勘違いをしているとしか思えず、「本当に対応しているのか？」には疑問符を付けざるを得ません。
質疑自体に齟齬があり、正しいやりとりが行われているように見えないんです。

ソフトウェア的なインターフェイスは、512Byte/セクタですから、従来の方法によるアクセスも「問題有りません」。
動作はするんです。問題はパフォーマンスががた落ちするのでどうしましょうということで。
HDS722020ALA330も営業に内緒で似たような実装をされているのではないかという噂があります。
現実問題として、WDで「遅くなる」という条件に合致した場合、酷く転送パフォーマンスが低下していることが問題になっています。
そして、フォーマットをVistaで行うと、XPでも若干のパフォーマンスの回復があることも報告されています。
この差が何であるのかは不明ですし、当時は存在しなかった物にVistaが対応しているとも思えないのですが、どうもオフセットで調整しているようだという感じの情報は見ています。

問題は、「どういう状況であれば、ドライブがまともなパフォーマンスをたたき出すか」で「本来のパフォーマンスが出れば」対応しているという答えが正しいのですが、ここの最初の問いに「読み書きに問題はないが何故か、パフォーマンスががた落ちしている」というのではここでの問いには「非対応」が正しい答えになるわけです。

そして、BIOS云々については見当違いであると思われます。
WindowsXPは、コンピュータの進歩においては、古いと言わざるを得ないインストールイメージからインストールすることになります。
そして、XPが市場から滅ぶ前に、PATAが追いやられるという流れがあり、BIOSではソフトウェア的に互換性がありますが、インストールイメージが、ドライバを持っていないため、インストール時に明示的にドライバを入れてやり、やっとまともに動作するという状況であるという経緯があります。
ですから、認識しないのはBIOSではなく、XPがインストール時に必要とするストレージドライバであって、BIOSレベルで対応をしていないというのは少なくともBIOSを搭載したインターフェイスや、コントローラを持っているマザーボードに関して言えば、「嘘」です。
BIOSの影響下にあり、拡張int13hの手の届くところにある部分は正しく動作しているはずで、転けているのはXP自身が持つべきドライバがない状態で、それでも、32Bitドライバに処理を移そうとするときに転けるのです。
これは「SATAインターフェイスの認識と動作」であって、今回の話題とは一切関係がありません。

従って、問題は、Bigsectorを採用したドライブで、パフォーマンスの著しい低下が有るか無いかが議題です。
動く動かない。読める読めないというレベルの問題は「実装上、理論的には無い」様にHDDのファームは出来ています。
で、対応コードは入っているか居ないかが問題で、WDでは、ユーティリティーやジャンパによってXPでのある程度のパフォーマンス低下を回避する手段を用意していますが、これはWindowsを前提としているのですから、Linuxとは異なってきます。
それが、Windowsのファイルシステムを対象とし、それに対するフォーマッタだった場合、Ubuntuは恩恵を受けられないんです。

実際の所手元に無いので、答えは分かりません。が、質疑として資料として事実と異なる物がおかしな状態でドキュメントして残るのはどうかと思い一応突っ込みを入れてみます。
手に入れる機会が有れば人柱になる可能性も有りますけども、私には予定がありません。
それがXP以前のファイルシステムや、フォーマット方法に問題があり、その性能低下の原因にLinuxで扱うDisk I/Oや、フォーマットが無関係であるという説明か、実際に入れてみて、そうではないドライブと比較して極度にパフォーマンスが落ちていないという結果をもって初めて対応といえると思うのですが、どちらかの根拠（例えば、どこかのメーリングリストで、対応のコードを追加したとかいう記述を見たとか。）は何方かお持ちでしょうか？
無ければ、「試してみる人が出るまでは保留」にしておかないと、後で痛い目見る人が出る可能性が有るのですけど。

一応言っておきますが、誰かに「やれ」ということではないです。でも、「根拠も確証もない」のに「大丈夫だよ」というのなら「現時点では不明」で保留にしておくのが正しく、実際にやったか、根拠になるドキュメントが出た時点で、情報としては修正されればよいのではないかと思います。もし、根拠をお持ちで発言されている方がいらっしゃったっら申し訳ないのですが、出来ましたらその場合は、根拠とする情報の方を提示してもらえると、情報として有意であるかと思います。
「新しいから」とか、「BIOS云々」は状況ではありますが「対応した」とは言えません。古いデバイスでもドライバがない物なんてたくさんあるくらいですから、時間の流れなんて根拠にはなりません。

フォローとしては多分必要充分だと思います。

最初に質問された方が何を思ったかは知りませんが、
http://akiba-pc.watch.impress.co.jp/hotline/20091212/etc_wd.html
上のような報道がされているので、ふつーの人が気になるのは、XPは再設定らしいけど、Ubuntuは？ということで、問題は読み書きできないということではなくて、パフォーマンスが出るかどうかではないかと推測はしています。
上の記事ではXP以外は「それ以前のものも未確認」なんて書かれているわけで、Linuxも含め言及は無いわけです。
で、「新しいから大丈夫」とか「BIOSが対応すれば」という話で止まっているので、それは結論としてそれで良いの？という投稿だったわけです。

実際の所、自分が買う予定が無いので、実仕様についてはきちんと調べておらず、ドライブがどういう物かを判定して動けるのかどうかを含め、不明なのですが、「多分動くはず」という「コードが入っている」という事実があるのなら、バグが残っていても「想定はされている」とは判断できる気はします。
が、「コードが入っている」のと、「最新である」ことは必ずしも同義ではなく、BIOS云々もドライバの問題（Big Driveの問題ではないですよね？どちらかと言えば、挙がっている例はAHCIとか、IDEモードとか、SATAコントローラのドライバとか、その辺りの問題で、LBAの問題ではないですから。）という情報で終わっているので、情報としては疑問符が付いたわけです。

トピックとしての終了時の結論に疑問があっただけなので、個人的に知りたいことは特にはなく、hitoさんの書かれたことで、概ねの状況としては解りましたし、あとは読む人が実証はされていないがそういった状況でそういう仕様の物であると判断/理解出来れば必要充分であるかと思います。

情報の提示ありがとう御座いました。

Crush による投稿:

　
　hitoさんには、その杜撰な中身に業を煮やして出てきていただいたのであれば、大変ご迷惑をおかけいたしました。

杜撰といったことを思ったわけではなくて、日本語で読める資料だと妥当なものがないなぁ、ということで把握していることをまとめてみた、という感じです。もし「杜撰なものを書いてしまった」的な認識をされているのであれば、そんなことはないので補正して頂ければと思います。アライメントまたぎによるパフォーマンス劣化については、現時点のLinuxユーザーが把握すべきものとして妥当だと思いますし、そうした投稿をして頂く方は常に必要です。今後もよろしくお願いします。

さて、現状についての比較的よさそうな資料ですが、今のところは「2010年1月の現状がまとまったもの」がありません（そうしたエヴァンジェリスト的なことが出来る人たちは今、いろいろなところとの折衝に駆り出されていて資料を作る余裕がないはずです）。

2009年前半の「これからこういうものが出てくる」というレベルのものになってしまいますが、http://www.bigsector.org/にある資料に一通り目を通して頂くのが良いかと思います。補足的な情報としては、
・近代的なファイルシステムではブロックサイズが4096byteであるため、ファイルシステムが問題になるケースは少ない。
・が、パーティション構成時に4096byteセクタを意識せずに領域を作ると、odd-alignedになる恐れが強い。
・RAW I/Oを行うケースではアライメント問題によるパフォーマンス劣化が起こりがちである。
といったあたりを把握していると、あとは既存のファイルシステム関連の資料で読めるようになります。

http://haizin.serveblog.net/?tag=caviar-green
一応まとめていらっしゃる方のblogを発見。
資料へのリンクと説明がありました。
投稿日時を見ると、クロール前だったか、検索ワードが悪かったかで、見つけられなかっただけのようです。

とても嬉しい情報がありました。例のウェスタンデジタルのハードディスクのアドヴァンスフォーマットの件ですが、

10.04LTCから正式対応のようです。だから、わざわざ、私が書いたヘッド数だのシリンダー数だのDOS互換モードなど設定する必要はなく、10.04LTCのCDで新規のパーティション

実行すれば良いようです。その際最初と最後に１Mほどの空き領域が出来ますが、これはアドヴァンスフォーマットの対応のようです。これは日本語でubuntuの記事に載っていました。

https://wiki.ubuntu.com/LucidLynx/ReleaseNotes/ja