左上にありませんか？
10.04では、左上に変更されました。
左上にもないのなら、
追って報告してください。

WindowManagerが実行されていない状態だと思います。
キーボードでALT+F2を押して、アプリケーションの実行をだして、metacityと入れて実行してみてください。

とりあえずWindowManagerが起動していないことが原因であることが分かったので、自動起動ではなくて、https://forums.ubuntulinux.jp/viewtopic … 644#p58644 #5 Templerさんの書き込みの方法で対処した方がよいかと思います。

私も9.10から10.04へアップグレード後同様の症状になりました。
https://forums.ubuntulinux.jp/viewtopic.php?pid=58644#p58644  #5 Templer　さんの書き込みの操作を行っただけ
では、WindowManagerはログアウト後再ログインしても、自動起動しませんでした。

https://forums.ubuntulinux.jp/viewtopic.php?pid=58644#p58644 #8 einundzwanzighundertsechs さんの書き込み
によると、10.04では存在しないはずの /usr/bin/compiz.real を探してエラーになってしまって、metacity が起動しないの
ではないかと思われるので、これは必要ない操作かも知れませんが、
sudo touch /usr/bin/compiz.real
としておきました。それと、
~/.config/gnome-session/saved-session/ フォルダを見ると
上記の本家フォーラムのデバッグログの「Could not launch application '10d3d23d86a874318d126772136930164900000020350022. desktop’」
の数列と同様の名前のファイルがありましたので、
rm -rf ~/.config/gnome-session/saved-session/
としてフォルダを削除しました。

https://bugzilla.gnome.org/show_bug.cgi?id=605226
にも同様の記述があります。
セーブされたセッションを復元しようとして、/usr/bin/compiz.real を実行しようとしたけど、バージョンアップによりそのファイルが
ないためエラーとなり、WindowManagerが自動起動しない、ということかなと思いますが正しい理解かは解りません。
この操作後は私の方では自動起動するようになりました。
cairo-dock の背景も透過しなくなってしまったんですが、それは
gconftool-2 -s '/apps/metacity/general/compositing_manager' --type bool true
で治りました。