修正するには、現象をまとめて https://bugs.launchpad.net に報告する必要がありますが、
ちょっと私のほうでは、すぐに環境を揃えて検証・報告するのは難しそうです。

この問題を検証し、英語でバグ報告して頂ける方がいれば助かります。
もしおられないならば、次のリリースには間に合うよう報告しておきます。

皆さん情報ありがとうございます。

partitioner か Gparted の問題かと思っていましたが、
fsck が問題である可能性が大きいみたいですね。
早速、fstab を編集しておきます。

いわゆるダメ文字が全て変更されるわけではないところに、
このバグの見つけづらいところがあるようですね。

英語でのバグ報告はとてもできませんが、
再度インストールしてみたところ、再現しましたので、
Windows 環境でのファイル名変更の検出方法の報告です。
（詳しい人には釈迦に説法かもしれません）

スタートボタンを押して、「ファイル名を指定して実行」。
cmd.exe を入力し、コマンドラインに入る。
dir c:\ /A- /S > HOGEHOGE.TXT
この HOGEHOGE.TXT を、秀丸エディタなどの正規表現で検索できるソフトで
「 00[0-9]\n」を検索すれば、
何が変換されたかおおよそ分かります。
同一フォルダ上に１０個以上ファイル名が変更がある場合には漏れますが、
検索途中に見れば分かるでしょう。

この方法では、バックアップをとっていないと元のファイル名が分かりません。
また、Windows 上では、ファイル名の変更・削除ができなくなりますが、
Ubuntu でマウントすれば、削除可能です。

こんなに早く情報が得られるとは思っていませんでした。
m_nagase さん、jkbys さん、hito さん、ありがとうございます。
次の LTS までに直るといいですね。

RxOrca さん情報ありがとうございます。

> # マウントしなければ勝手に変更されることもないだろうし …

インストールの時に、マウントを設定しなくても”勝手に”変更されるのが困ったところなのです。
しかも、名前の変更されたフォルダ・ファイルは、
Windowsからは、中身を見ることも、さらに消すことも不可能になってしまうのです。

一応、同じバグに悩まされた人がこのスレッドをのぞいたときのため：

/etc/fstab

を開いてターミナルからgksu gedit /etc/fstabなどとして開き、

/dev/hda2      /media/hda2      vfat      defaults      0 1

などとなっているところの一番最後を0にしましょう。ちなみに/dev/hda2がデバイス名、/media/hda2がマウントポイント、vfatがファイルシステム、defaultsがマウントオプション、0がダンプの有無、1がfsckの有無を表します。

まあntfs-3gも標準になりましたし、windowsもntfs推奨なのでntfsにしとくのがいいと思いますが。

RxOrca による投稿:

つまり, インストール時にパーティション操作 -- たとえば新規にパーティションを作成する(?) 等 -- すると, 関係ない別のパーティションまでチェックされ, 結果 (ファイル名が無効だと判断されて?) 改名されてしまう …
てことでしょーか?

その通りです。

6.10のときは『手動でパーティションテーブルを編集』を選ぶと、
実際にパーティション操作を行わずにキャンセルしても、その時点で既存の全てのパーティションにfsckがかかり、
0x5C や 0x7C を含むファイル名がリネームされていたように思います。

7.04のときはロングファイル名用のディレクトリエントリを壊されました。(直すのにえらい苦労しました)

7.10はLiveCDからのインストールは試みておりません。

いずれもFAT32のパーティションです。

Windows2000でデフォルトにインストールされるファイルのうち、
以下のファイルの名前が変更される時の、/var/log/fsck/checkfs のログ

（このファイルの順序は、下のログにあわせてあります）

c:\WINNT\サポテック織り.bmp
c:\Documents and Settings\All Users\スタート メニュー\プログラム\アクセサリ\ゲーム\ソリティア.lnk
c:\Documents and Settings\All Users\スタート メニュー\プログラム\管理ツール\コンポーネント サービス.lnk

以下、/var/log/fsck/checkfs の該当部分
-------------------------------------------------------
fsck 1.40.2 (12-Jul-2007)
dosfsck 2.11, 12 Mar 2005, FAT32, LFN
Orphaned long file name part ":32r:33T:336:333:32l:7vK:32A.bmp"
  Auto-deleting.
/WINNT/:32r:33T:336:333:32l:7vK:32A.bmp
  Bad file name.
  Auto-renaming it.
  Renamed to 000\0000000.\000MP
Orphaned long file name part ":32z:33g:336:32Z:32Y.lnk"
  Auto-deleting.
/Documents and Settings/All Users/:32v:32-:33y:338 :33X:33B:33b:33y/:33N:33j:32m:33f:33W/:32Y:32l:32x:32r:33g/:32o:33y:33W/:32z:33g:336:32Z:32Y.lnk
  Bad file name.
  Auto-renaming it.
  Renamed to 000\0000000.\000NK
Orphaned long file name part ":32p:33p:33T:33y:33D:33p:338 :32r:33y:33J:32v.lnk"
  Auto-deleting.
/Documents and Settings/All Users/:32v:32-:33y:338 :33X:33B:33b:33y/:33N:33j:32m:33f:33W/:7kX:7G6:334:33y:33h/:32p:33p:33T:33y:33D:33p:338 :32r:33y:33J:32v.lnk
  Bad file name.
  Auto-renaming it.
  Renamed to 000\0000000.\000NK
Performing changes.
/dev/sda3: 43434 files, 1061748/1276677 clusters
fsck died with exit status 1

NTFSの書き込みを複数のマシンでFeistyから使ってますが何も問題が起きたことはありません。