http://kkuma.sytes.net/ppBlog/index.php?UID=1272603485
とか2ちゃんでもPCIボードがUbuntuとの組み合わせで認識しないとか言う話がでているようです。
いわゆる相性の問題かも知れません。
# 個人的な *** 思い込み、偏見 *** としてはIntel製のM/BはLinuxと相性が悪いものが多いように思います。

https://wiki.ubuntu.com/HardwareSupportComponentsMotherboardsIntelSocket775
あたりから動作状況の良さそうなものを選ぶか、
細かく要求仕様を決めているのであれば、入手性なども考慮して、ある程度型式を絞ってから、その型式で動作確認情報を探すのがよいのでは無いかと思います。
販売数量が少ないものだと、問題がある場合でも情報として見つからない可能性もあるので、ASUSやGIGABYTEなどの大手のM/Bで、かつ、
1～3万円程度の売れ筋商品を狙うのがよいかと思います。
また、「ハードウェア」カテゴリを調べると、なにか良いものが紹介されているかも知れません。

PCIバスに接続したデバイスが見えないと言ったような大きな問題があれば、動作状況の欄に不具合としてかかれているはずだと思います。
逆に、大きな不具合情報が無いものは安全と思ってよいかと思います。ただし、Rev違いなどで、全く同じM/Bが入手できるとは限らないので、動作を完全に保証できるものではありませんので、その点はご理解願います。
全く情報の無い状態から探すよりは安心材料が増えるぐらいに思って下さい。

DP４３BFLの件は、詳細を調査してバグ報告していただければ、いつか、Ubuntu(or Linux)側で対処されるかも知れません(現時点ではH/Wの問題なのか、S/Wの問題なのかも明確ではありませんが、同じ症例があることから個別不良では無いと思われます)。

# 余談ですが、自分も運は良い方らしく、あまり変なH/Wを引き当てたことはありません。
# が、IntelのM/BでOnBoardのLANが有効になっているとLinuxが起動途中で
# お亡くなりになるものがあったという話を聞いたことがあるような気がします。
# たまにそういうものもいるようで。。