sony5614 による投稿:

Windowsではゴミ箱から削除したものを復元、もしくは完全削除することができますよね?
Ubuntuではそういったものはありますでしょうか?

一応いくつかあります。 PhotoRec など。
しかし基本的にlinuxでは削除したファイルの復元は極めて難しいとお考え下さい。
ファイルの完全削除は shred というのがあります。

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まずは、duなどを使って、なにが(どこか)ディスクスペースを消費しているのか確認してみては如何でしょう。
/var/log/*あたりが太ってしまったというだけの話かも知れませんし、~/tmpなどに一時作業ファイルが残っているのかも知れません。

#6のhmatsueさんと基本路線は一緒なんですが、

要は、ある時点より後に作成・更新されたファイル(特にデカいファイル)が分かればよいのですよね。

1. 事前にダミーファイルを作成する。

touch ~/hoge

2. remastersysであれこれ作業する。

3. ~/hogeより後に作成・更新されたファイル (サイズ０や/sys /procは除く)を検索しつつ、ファイルサイズで降順ソートした結果をファイルに出力する。
※3行まとめてコピって貼り付け

sudo find / -type f -newer ~/hoge ! -size 0 ! \
-wholename '/sys/*' ! -wholename '/proc/*' -print0 2>/dev/null \
| xargs -0 -r du 2>/dev/null | sort -n -k 1 -r > newfiles

findの-newerが肝です。