追伸です。
phpファイルはWeb上ではうまく機能していませんが、端末からの操作では機能しているようです。
端末で操作する際にこんなエラーが出ました。
PHP Deprecated:  Comments starting with '#' are deprecated in /etc/php5/cli/conf.d/imagick.ini on line 1 in Unknown on line 0
PHP Deprecated:  Comments starting with '#' are deprecated in /etc/php5/cli/conf.d/mcrypt.ini on line 1 in Unknown on line 0

私のPC環境ではimagickなどをインストールしていますが、それが原因でしょうか？

siさん、いつもお世話になっております。
以前の設定ファイルは自分でもバックアップをとっていましたので、それらを設定ファイルとして戻してみたのですが以前として変化なしでした。
info.phpも表示されないです。

アップグレード時にはApache関連のファイルは上書きはすべてしなかったので一応設定は9.10の時のままになっている（と思います。）はずなのですが…。
PHP関連も上書きはしていません。
アップグレード時にダイアログで出てきた項目ではずべて上書きはしませんでした。その項目は、
Apache.confは書き換えない。
php.iniも書き換えない。
vsftpd.confも書き換えない。
を実行しています。
最終的に使用していないファイルのクリーンアップを自動的に行なっていましたが、その内容は保存していません。

同様の現象の方はいませんでしょうか？

siさん、ありがとうございます。
enableになっているモジュールを確認してみました。
php5.confという設定ファイルがあり、a2enmodで設定してみたところphpが回復しました。

ありがとうございます！