まず、お使いの PC の情報をお願いします。
メーカ製の場合は、メーカ名や型番。
自作の場合は、マザーボードやグラフィックスカードのメーカや型番。

参考です。
私も、D945GCLF2使ってますが、以前は問題なくインストール、実用できてましたが、カーネルが新しいものになってから、色々、トラブルに遭遇するようになり、現在は、グラフィックモードなしで、Fedora13βを入れて使ってます。
ハード的には、acpiがすんなり動かない（カーネルのバグ？ Fedora12以降、Ubuntu10.04）ので、カーネル起動オプションに "acpi_enforce_resources=lax”を指定して、使ってます。

＞起動してしまえば普通に使えます
なので、10.04から導入された、起動時のグラフィックシステム”P...何とか”が、うまく Atom PCに対応できていないorされてないのではないでしょうか？

私もGCLF２（ATOM３３０）を利用していますがそういった現象はみられません。