# まず、PPPoEを直接PCから設定するのはそれなりに面倒なので、
# もし5000〜10000円を出せるならPPPoEに対応したブロードバンド
# ルータを購入した方がよいと思います。

確認させてください。「接続ツール」はプロバイダからもらったCDのことでしょうか？
Windowsで行った操作内容を教えてください。

もしもWindowsで行った操作が「PPPoEクライアントの設定」であると確証できるのであれば、
以下を試してみてください。確証がなければ絶対に試してはいけません。

以下のように操作してみてください。

1. アプリケーション→アクセサリ→端末、とメニューをたどり、端末を起動します。
2. 端末で sudo pppoeconf と入力します。
3. パスワードが要求されるので、パスワードを入力します。
4. "ALL DEVICES FOUND?"と聞かれますが、[YES]を選んでEnterキーを押します。
5. しばらく待つとADSLモデムに接続されているインターフェースが自動的に選別されます。
6. オプションの利用を聞かれます。YES.
7. ユーザネームを聞かれます。プロバイダからもらった設定用紙にあるユーザ名を入力してください。
8. 同じくパスワードを聞かれます。プロバイダからもらった（以下略）パスワードを入力してください。
9. resolv.confを使うか聞かれます。yes
10. MTUを幾つにするか聞かれます。デフォルトのままyes
11. 起動時に自動接続するか聞かれます。yes.
12. 開始してよいか聞かれます。yes

もしcommand not foundと言われてしまった場合、以下の手順でpppoeconfをインストールしてください。
・システム→システム管理→Synapticパッケージマネージャとメニューをたどり、Synapticを起動します。
・パスワードが要求されるので、パスワードを入力します。
・[検索]ボタンをクリックしてpppoeconfと入力します。
・pppoeconfがリストに表示されるので、右クリックして[インストール]を選択し、
・メニューにある[適用]ボタンを押します。

もしも詰まった場合、手順の何番のどこが分からなかったのか、を書いてください。
できれば画面に表示された内容をメモし、どう操作したのかもメモしておいて、
詰まったときにはそれも教えて頂けると助かります。

回答についてはhitoさんの詳細の説明をご覧いただくとして(コピペ)、簡単な手順は
「システム→ヘルプとサポート→インターネット→4.2 PPPoEモデム」
でも確認できます。

ユーザ名とパスワードを入力するタイミングが若干違うみたいですけど。