./configureしようとしているソフトウェアのバグかも知れないですし、それだけではなんとも言えませんが、たとえばlinux-kernel-headersなど必要なものが足りていないだけかも知れません。
まずは、そのソフトウェアに付属するINSTALL.txt, Readme, などそれっぽい名前のファイルを読んでみることをおすすめします。