>サーバ：Ubuntu 10.04
このインストールの詳細は？
　日本語Remix阪orサーバ版？、AMD64？、最新アップデート済み？、
　リポジトリは標準のまま？、VNCサーバのインストールは、apt-getで？

__builtin_vec_new は、コマンド実行時に呼び出す、ライブラリで宣言されているものなので、
インストールしたパッケージに問題あるか（作成ミスや破損等）、
インストールが途中で止まってしまっているのでなければ、
自前でソースからインストールでもしない限り、滅多に出るエラーじゃないと思う。
試しに
$ sudo apt-get update
$ sudo apt-get upgrade
してみて、エラーが無いようでしたら、
$ sudo ldconfig
してみてください。

debian のバグレポートに，vnc4server について同様の状況が報告されていて，アップデートで原因不明のまま治ったともあります．
http://bugs.debian.org/cgi-bin/bugreport.cgi?bug=542850

また，次の記事によると，__builtin_vec_new は gcc-2 の libstdc++.so で定義されていて gcc-3 以降は廃止されたとか．
http://www.ntg.nl/pipermail/ntg-vtex/2003-September/000367.html

そんな古いシンボルを使おうとする何かがシステムに存在するのですから，apt-get, synaptic 等の標準以外の方法でソフトをインストールした事はありませんか？
/usr/local/lib にインストールしたライブラリがこの種のトラブルの原因となる場合があります．
# 特に初心者の場合で，インストールした事を認識していない例も過去にありました．

vnc4serverインストールして、試してみましたが、エラーは出ませんでした。

## 参考 ##
下記参照し、私のインストール状況と比較してみてください。

vncpasswd実行

$ sudo vncpasswd /etc/passwd_vnc
Password:
Verify:
Password too long - only the first 8 characters will be used

$ ls /etc/passwd*
/etc/passwd  /etc/passwd-  /etc/passwd_vnc

vnc4serverのバージョン確認

$ dpkg -p vnc4server|grep Version
Version: 4.1.1+xorg4.3.0-37ubuntu2

vncpasswdのパス確認

$ which vncpasswd
/usr/bin/vncpasswd

vncpasswdの共用ライブラリ依存表示

$ ldd /usr/bin/vncpasswd
    linux-vdso.so.1 =>  (0x00007fff9adff000)
    libstdc++.so.6 => /usr/lib/libstdc++.so.6 (0x00007fef6a501000)
    libm.so.6 => /lib/libm.so.6 (0x00007fef6a27e000)
    libgcc_s.so.1 => /lib/libgcc_s.so.1 (0x00007fef6a066000)
    libc.so.6 => /lib/libc.so.6 (0x00007fef69ce4000)
    /lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x00007fef6a82c000)

siさん
わざわざ試していただき、ありがとうございます。
同じ操作を私の環境で行った結果は次の通りです。

einundzwanzighundertsechsさんの情報とつきあわせると、libstdc++-libc6.2-2.so.3 を参照しているのが問題なのでしょうか？


★vncpasswd実行
当方はエラーになります。

$ sudo vncpasswd /etc/passwd_vnc
vncpasswd: symbol lookup error: vncpasswd: undefined symbol: __builtin_vec_new

$ ls /etc/passwd*
/etc/passwd  /etc/passwd-

★vnc4serverのバージョン確認
siさんと同じバージョンです。

$ dpkg -p vnc4server|grep Version
Version: 4.1.1+xorg4.3.0-37ubuntu2

★vncpasswdのパス確認
インストール先のパスは異なるようです。

$ which vncpasswd
/usr/local/bin/vncpasswd

★vncpasswdの共用ライブラリ依存表示
共用ライブラリ依存も異なるようです。

$ ldd /usr/local/bin/vncpasswd
        linux-gate.so.1 =>  (0x0085a000)
        libstdc++-libc6.2-2.so.3 => /usr/lib/libstdc++-libc6.2-2.so.3 (0x003b4000)
        libm.so.6 => /lib/tls/i686/cmov/libm.so.6 (0x00913000)
        libc.so.6 => /lib/tls/i686/cmov/libc.so.6 (0x00110000)
        /lib/ld-linux.so.2 (0x002d2000)
        libgcc_s.so.1 => /lib/libgcc_s.so.1 (0x0026a000)

einundzwanzighundertsechsさん
情報ありがとうございます。

次のコマンドで調べたところ、libstdc++-libc6.2-2.so.3は最終的にlibstdc++.so.6.0.13を参照しているようです。
ls -l /usr/lib/libstdc*
        /usr/lib/libstdc++-libc6.2-2.so.3 -> /usr/lib/libstdc++.so.6
        /usr/lib/libstdc++.so.6 -> libstdc++.so.6.0.13
        /usr/lib/libstdc++.so.6.0.13



ところで、ご呈示いただいた「消極的な策」も試してみました。
sudo mv /usr/lib/libstdc++-libc6.2-2.so.3 /usr/lib/libstdc++-libc6.2-2.so.3_kari


しかしこれだけではvncpasswdがlibstdc++-libc6.2-2.so.3を参照しようとするので、実行時にエラーとなります。
$ ldd /usr/local/bin/vncpasswd
        linux-gate.so.1 =>  (0x00895000)
        libstdc++-libc6.2-2.so.3 => not found
        libm.so.6 => /lib/tls/i686/cmov/libm.so.6 (0x00ae8000)
        libc.so.6 => /lib/tls/i686/cmov/libc.so.6 (0x00e70000)
        /lib/ld-linux.so.2 (0x00434000)


vnc4serverを再インストールしても同様でした。
$ sudo apt-get --reinstall install vnc4server


「前任者の貼ったリンクを消去」というのは改名だけでは駄目なのでしょうか？

提示した策は問題の「古いバイナリ」を特定する作戦であり，問題を解決するものでは有りません．
そして，/usr/local/bin/vncpasswd そのものが問題の「古いバイナリ」でした．
/* 予想はしていましたが確信は持てませんでした */

Ubuntu 提供のファイルと同名のものを，/usr/local/bin や /usr/local/lib に標準以外の方法でインストールすると，
/usr/local のものが優先されて使用されるため今回のようなトラブルとなります．

が，

guny さん による投稿:

それらしいファイルとして次のファイルをホームディレクトリに移動しました
vncconfig
vncpasswd
vncserver
vncviewer

移動後にvncpasswdを実行しましたが、以前と同様のエラーになりました。

$ ls -l `which vncpasswd`
$ ls -lL `which vncpasswd`
$ ldd `which vncpasswd`
を実行して「古いバイナリ」を参照していないかもう一度確認してください．