BIOSが認識した途端にフリーズということは、BIOS設定画面も開けないということでしょうか。
実はubuntuの起動が始まってからグラフィックドライバのバグでフリーズしている(あるいはフリーズしたように見えている)ということはないでしょうか。

＞hmatsueさん
お返事ありがとうございます。
BIOS設定画面も開きません。
//実はubuntuの起動が始まってからグラフィックドライバのバグでフリーズしている(あるいはフリーズしたように見えている)ということ//はないでしょうか。
HDDのランプをしばらく眺めても見たのですが…、いっこうに読み込んでいる雰囲気ではありませんでした。

＞petitbootang
お返事ありがとうございます
試してみます。

＞皆さん
お返事ありがとうございます
BIOS時点でフリーズしてしまい、画面はロゴ表示のままで、光学ドライブからのブートもできません。
とりあえずCDに焼き直して
パーテーションをいままで
/boot  sda1
/         sda2 
/home sda3

それぞれプライマリ、ファイルシステムはExt４
と分けていたのですが
パーテーションを
/          sda1
/home sda2

にしてインストールしたところ正常にブートしました。
何となくですが、ファイルシステムやブートローダーの関係のトラブルにおもえてきました。
ですが、なぜかノートPCの方は今までどうりの方法でブートしました。
やはりブートローダーやファイルシステムやハードの相性なのでしょうか？
はたまたパーテーションの分け方に問題があったのでしょうか？

お。weykさんに先を越された :)
でも、折角調べてみたので、投稿します。
http://www.tomshardware.com/forum/186416-30-p4m800pro-ddr2-problem
http://questionbox.jp.msn.com/qa4760992.html
http://vip.asus.com/forum/view.aspx?id=20090425175943752&SLanguage=en-us&page=1&board_id=1&model=P5VDC-MX

P5VDC-MXやP4M800 Proで検索してみると、SeagateのHDDとの間で問題があるとか、メモリの認識で問題があるとかいう話がいくつか見つかりました。
DVDでも起動できないことから考えると、HDDの内容が影響しているとは考えにくく、M/Bのバグのように思えます。
Ubuntuのインストール時とタイミングが合ったのが不思議ですが、微妙なタイミングかなにかが変わるものなのか、そのあたりはちょっと私の知識不足で判りませんが。。
いずれにせよ、かなりバギーなM/Bを引いてしまったのではないかという気がします。

うーん。確かに再現性があるようなのでスッキリしない感はありますね。ふと思ったのですがHDDのサイズが同じですね。もしかしてRAIDですか？

お返事ありがとうございます
いえ特にRAIDはしていません。
/bootにかんしては、今まで何となく分けていたのですが、長所と短所を考えたことがありませんでした。
ブートに必要なカーネルなどをおく場所、という認識しか持ってません。

本来の動作ではあり得ないことで、そもそも止まってしまうというのは実装として論外だと思います。
ただ、実際にはBIOS側がWindowsのみを想定し、余計な気を回すために問題を引き起こすケースがまれに存在しています。
最大容量がHDDのファームレベルで丸めてしまうとか、パーティションテーブルを見て警告を出すとか。
BIOSが行うべき処理としては、MBRのデータを読み込み、そのブロックにあるブートストラップローダを起こしてやることだけなので、基本的にはHDDは何が書き込まれていようと検出時点で止まるということは机上では無いはずです。
が、余計な機能があることで、何かを踏んでる可能性はゼロではないです。

もし、10.04よりも前のUbuntuで問題がなさそうなら、10.04ではパーティションの開始位置を従来と違う場所から作成するので、PC/ATの仕様を馬鹿正直に守った上で、余計な事をしていれば、その影響の可能性はあります。
というか、ブート前の状態で影響が露骨に出る変更点はここなので。
流石に中身まで見るとは思えないですし、MBRの中にあるコードに処理が移ってれば症状は違うでしょうし。
ただ、パーティションの切り方というより、マウント位置で挙動の違いが出てしまうのはよくわかりませんね。

大きなお世話なだけなのに余計な気を回されて実装された機能には酷い目にあったことこそあれ、助けられたことは一度たりとも無いんだよなぁ。まともに実装もできないくせにろくにチェックもしないで世に出すなと思ったことは数知れず。