CPUの周波数調整は通常BIOS側で行うので、起動時にBIOSの画面を表示させて周波数の項目を確認してください。(設定項目がない場合がほとんどです。また、周波数が調整できる場合も、それが原因で破損した場合は保証対象外となるはずです。)

CPUへの別の配慮の仕方としては、プロセスにCPU使用率制限をかける方法でしょうか。
「cpulimit」というパッケージを導入すると、プロセス単位でCPU使用率に制限をかけられます。
使用方法は端末でcpulimitと実行すれば表示できます。
最も簡単な使い方は以下の方法でしょうか。実行したいコマンドの前に「cpulimit -l 使用率制限(%)」を加えるだけです。

$ cpulimit -l 使用率制限(%) コマンド 引数1 引数2 ...

$ cpufreq-info
cpufrequtils 006: cpufreq-info (C) Dominik Brodowski 2004-2009
Report errors and bugs to [email protected], please.
analyzing CPU 0:
  driver: powernow-k7
  CPUs which run at the same hardware frequency: 0
  CPUs which need to have their frequency coordinated by software: 0
  maximum transition latency: 200 us.
  hardware limits: 533 MHz - 1.53 GHz
  available frequency steps: 533 MHz, 667 MHz, 933 MHz, 1.20 GHz, 1.53 GHz
  available cpufreq governors: conservative, ondemand, userspace, powersave, performance
  current policy: frequency should be within 533 MHz and 1.53 GHz.
                  The governor "ondemand" may decide which speed to use
                  within this range.
  current CPU frequency is 1.53 GHz.
  cpufreq stats: 533 MHz:18.70%, 667 MHz:0.31%, 933 MHz:1.78%, 1.20 GHz:1.72%, 1.53 GHz:77.49%  (59)
$
ステータスに533MHzとありますね・・・
  available frequency steps: 533 MHz, 667 MHz, 933 MHz, 1.20 GHz, 1.53 GHz
が変えられるリストのようですが、（たぶんです。初めて使うツールなんで詳しくは知りませんが）
私の考えから言えば・・・・下がりすぎなきがします。一番低いということになりますし。
逆になりますが、９３３MHｚぐらいに上げたいです。
でも、熱いのですがね・・・
ステータスが間違っている・・・ことはないでしょうし。
「これ以上下げられないのなら、いっその事、上げてしまえ！」
・・・って感じの考えです。
中にホコリが詰まっているのでしょうか・・・
まあ、事実、「５３３」ですし、上げようと思います。
詳しく方法を教えていただきたいです・・・
内容変わってすいません。
まあ、ほかに熱くしない方法があれば教えていただきたいですが。

http://www.unkar.org/read/pc11.2ch.net/notepc/1151813005/
この掲示板に、「熱くなりやすい？」と質問している人がおられます。
XP-Mは熱くなりやすいのでしょうか？
ページ内を「熱」で検索したら大量に出てくるんですけど；；
CPU自体の仕様ということならあきらめますけど＿ ＿

pc944 による投稿:

http://www.unkar.org/read/pc11.2ch.net/notepc/1151813005/
この掲示板に、「熱くなりやすい？」と質問している人がおられます。
XP-Mは熱くなりやすいのでしょうか？
ページ内を「熱」で検索したら大量に出てくるんですけど；；
CPU自体の仕様ということならあきらめますけど＿ ＿

Ubuntuからやや離れますが、一般論としては、以下となるかと思います。

発熱量は消費電力によって決まります。
消費電力は電圧と電流の積です。
電流を変えるのは大変なので、いわゆる低消費電力モードは電圧を下げるようになっています。電圧を下げると半導体の応答速度が遅くなる(電位差が大きい方が速く電荷を引き抜ける)ので、内部クロック周波数を下げなくてはなりません。
電圧をコントロールしているのはM/Bなので、BIOSの支援が不可欠です。
熱くなるかどうか、はCPUの放熱効率によって変わります。ひとつは内部の発熱部分とパッケージの熱抵抗、もうひとつはパッケージと外気の熱抵抗が問題となります。内部の熱抵抗はCPUの設計次第なので外部からどうこうできるものではありませんが、外部の放熱抵抗は放熱フィン(ヒートシンカー)や放熱ファン、あるいは、放熱フィンとCPUの間のグリースの塗り方、材質などによって改善が図れる場合があります。

基本的には最近のCPUやM/Bは適宜電圧とクロック周波数を変更して最適な状態を保つように動くはずなので、無理やりクロック数を変更するようなことは考えなくてもよいのではないかと思います。
なんらかの理由でどうしても発熱(消費電力)を抑えたいとのことであれば、低消費電力版のCPUに載せ替えるしかないと思います(M/Bが対応しているかは別途確認要です)。
発熱では無く、温度が問題であれば、ハード的に放熱効果を高める工夫をすることが必要と考えます。