投稿文から察するに、
https://forums.ubuntulinux.jp/viewtopic.php?id=1016
の件はご存知だと思われますが、おそらく上記の件で根本的な対策がされていないということなのだと思われます。

具体的にやりたいことを投稿していただいて、GPartedの代替ソフトウェアに関する情報を求めるか、
FAT３２の使用を止めて、NTFSやEXT4など別のファイルシステムで運用していただくのが現実的な対処かと思います。