orn による投稿:

早速質問なのですが、マルチコアCPUの各CPU使用率を平均化できませんか？

基本的にはプロセスをマルチコアなら各コアに振り分けるはずなので、なにか特殊なことがおきているような気がします。
ハードウェア型式や、BIOSの関連する項目の設定内容、どのアプリケーションを実行した状態で、CPU負荷が100%になっているのかなどを投稿いただけますか。

orn による投稿:

私はCore 2 Duoを使っているのですが、Ubuntuを使用していると片方のCPUだけ100%という恐ろしいことになっていました。

これ自体はまったく正常で、なんの問題もありません。CPUがよほど暇を持て余していない限り、100%に到達することはあるでしょう。
計算量の多いプロセスが二つ以上存在すると、両方のコアが100%に到達するときもありますが、重い処理がひとつだけだったのだと思われます。

orn による投稿:

発熱が恐ろしいことになってHDDが吹っ飛びました。

念のためですがCPUは定格での使用でしょうか。オーバークロッキングなどはしていないでしょうか。
正常な使用状態ではCPUの使用率が全コア100%になっても正常に動作するはずです。
電源ユニットの容量が足りていない、排気口、吸気口が詰まっている、などはないでしょうか。
また、発熱はどのようにして確認したものでしょうか。

仮にCPUが発熱していたとして、これがHDDの異常に結びつくというのも不思議な感じがしますが、HDDに起きた異常は、具体的にはどのような現象でしょうか。また、それが温度に関連すると判断した理由はなんでしょうか。