こんばんは
iBus-Anthyでいいですか。
MSーIMEと同じく、『半角/全角』で右下に仮名漢字変換ウインドウを出してください。3番目が「R」になっていると思いますので、
『ALT＋ひらがな』で「か」にするとひらがな入力ができます。または直接「Ｒ」の部分をクリックするとサブウインドウが開きますので、「かな」を選んでください。なお、『ALT＋ひらがな』を何回か押すと「R」(ローマ字）→「か」（かな）→「親」(親指シフト)を順に回ります。

私もかな入力です。
言語バーを表示した状態で右から２つ目のAnthyの設定をクリックします。
IBus-Anthyの設定で全般タブの一番上、初期値の設定の入力モードをひらがな、入力タイプをかなにすると半角/全角キーで入力モードにすると自動でかな入力になります。