１０年くらい前からLinux使ってますが、未だ初心者です。（残念)
前置きはこれぐらいにしておきます。

異常な事象
10.04LTSをインストールしたのですが、端末などを利用するとき”を入力すると＠が表示されたり~が入力できなかったりしました。
GUIでキーボードレイアウトを変更して一時的に解決しても、再起動するとまた同じ事象が起こる。

色々調べて見ましたが、Xwindowsの設定ファイルの場所が変わったようで、古い投稿が分かりにくかったので解決法を示します。

解決法
1.アプリケーション＞アクセサリ＞端末　で端末を開く。
2.sudo gedit /etc/default/console-setup　とコマンドを入力後、root権限のパスワードを入力。
3.開いたconsole-setupファイルの下から3行目ぐらいが
　　XKBLAYOUT="jp"
　となっているものを以下のように変更します。
　　XKBLAYOUT="jp,jp"
4.geditを終了して再起動してください。

わたしはこれで解決出来ました。おためしあれ。