パネルメインメニューのアイコン名は start-here という名前のものを使う事が、

gnome-panel-2.30.2/gnome-panel/panel-icon-names.h:#define PANEL_ICON_MAIN_MENU        "start-here"

としてgnome-panelのソースコード中に定義されています。

画像ファイルフォーマットには、pngかsvg
http://ja.wikipedia.org/wiki/Portable_Network_Graphics
http://ja.wikipedia.org/wiki/Scalable_Vector_Graphics
が使われます。


start-here の名前を持つアイコン画像ファイルは、アイコンテーマ毎に存在します。

/usr/share/icons/ubuntu-mono-dark/apps/22/start-here.svg
/usr/share/icons/ubuntu-mono-dark/apps/24/start-here.svg

などです。
メインメニューのアイコンは、使用中のアイコンテーマに含まれる start-here の名前を持つ画像ファイルが使われます。

Ubuntu標準のアイコンテーマである ubuntu-mono-dark や ubuntu-mono-light、ソフトウェアセンターやSynapticパッケージマネージャなどを使い
Ubuntuリポジトリからインストールしたアイコンテーマの構成ファイルは /usr/share/icons/ 以下にインストールされます。
「外観の設定」ウィンドウを使ってインストールされたテーマファイルは、$HOME/.local/share/icons/ 以下にインストールされます。
($HOMEは各ユーザのホームディレクトリ、.local は隠しディレクトリ)
複数の start-here ファイルがある場合は、パネルの大きさなどパネルの設定状況によって使い分けられる事があります。

例えば

/usr/share/icons/ubuntu-mono-dark/apps/22/start-here.svg
と
$HOME/.local/share/icons/ubuntu-mono-dark/apps/22/start-here.svg

のように、/usr/share/ 以下と、$HOME/.local/share/ 以下で同等の位置に同じ名前を持つファイルがある時は、$HOME/.local/share/ 以下にあるファイルが使われます。

よって、パネルメインメニューのアイコンを別のものに変えたい場合は、$HOME/.local/share/ 以下に使用中のアイコンテーマと同等の位置に、使用したい画像ファイルを同名で配置します。
例えばubuntu-mono-dark アイコンテーマの場合は

/usr/share/icons/ubuntu-mono-dark/apps/22/start-here.svg
/usr/share/icons/ubuntu-mono-dark/apps/24/start-here.svg

が存在するので、

$HOME/.local/share/icons/ubuntu-mono-dark/apps/22/start-here.svg もしくは start-here.png
$HOME/.local/share/icons/ubuntu-mono-dark/apps/24/start-here.svg もしくは start-here.png

を置き、再ログインや再起動などを行いgnome-panelが再起動されればメインメニューアイコンが置き換わります。
$HOME/.local/share/icons/ 以下にインストールされたアイコンテーマの場合は、start-here 画像ファイル を直接置き換えます。


なお、メインメニューのアイコン変更は /usr/share/icons/ 以下のファイルを置き換える事でも実現できますが、
APTパッケージシステムの管轄下のファイルであり、また操作に管理者権限を必要とするため推奨されません。