参考になるかわかりませんが、

~/.fonts内になにかフォントを置いていたりはしませんか？
私はそれで同じ症状が出てはまったことがありました。

すっごく参考にならないかもしれませんが、
今、GoogleChromeで、Sans設定なんですけど、丸ゴシック的な書体になっています。（LucidLynx、10.04。）
でもパネルは普通のゴシック体なんですよね・・・なんでなのでしょうか？
nautilusもです。
でも今さっき１時間ほど前は、Chromeも普通のゴシック体だったんですが、
Font関係のアップデートをかけた後は、いつも丸ゴシック的な書体になるのです。
私だけかもしれませんが。参考になれば。
あと、フォントはフォントでも、パッケージのフォントは特に注意してさがしてみてください。
たとえば、IPAモナーをインストール（パッケージで）すると、
ほぼすべての設定がIPAモナーになります・・・私の環境では。
ちなみに9.10ではずっと丸ゴシック的な書体でした〜・・・私の環境では。

オフトピ：個人的にはSansの丸ゴシック的な書体が目に優しいようなきがします・・・
（不思議と肩がこらないんですよね・・・なんでなんでしょうかね・・・。）