チャット（コミュニケーション系）をアンインストールして、
yelp（Ubuntuソフトウェアセンターでは、ヘルプ）を削除。
そして、再起動。
yelpは再起動後、もう一度インストールしても大丈夫そうです。
チャット（コミュニケーション系）は、試していませんが、おそらくシャットダウンの項目がまたもとに戻ると思います。