ありがとうございます☆

助かりましたー！！

.（ドット）から始まるファイルは隠しファイルです。

端末ならls -aでみえます。NautilusならCtrl-Hで切り替えられます。

「端末」があるとあまり使わないかも知れませんがxtermを使っていると
時々打った直前のコマンドがヒストリーされない事があります。これはバクでしょうか？？

はい、ubuntu9.04 で試してみました。

echo $HISTIGNORE

この結果は何も出てきませんでした。

gnome-terminalでの発生は覚えていませんが xterm の場合は再現しやすいので例を貼っておきますね。
（こうなる場合もあるしならない場合もあります。）

user@ubuntu:~$  history |tail -3
  586  history |tail -4
  587  history |tail -3
  588  history |tail -5
user@ubuntu:~$  history |tail -4
  585  history |tail -5
  586  history |tail -4
  587  history |tail -3
  588  history |tail -5

５８８で止まった状態です。別のコマンドでヒストリーが正常に戻ったりします。
パイプを使った記述で発生し易かった記憶があります。

私の環境で十回ほど試した範囲では、historyの内容が更新されないという現象は見られませんでした。
もしかしてext4なら発生するとか?
そんなことはないでしょうか。
確かflushの間隔が長かったような。
xtermのソースは読んでいない(そもそもスキル的に読めない)ので当てずっぽうですが。。