ご返答ありがとうございます。

試してみたのですが現象は変わりませんでした。
最上部のスペースを右クリックしても、パネルを右クリックしたときのメニューではなく、壁紙上で右クリックしたときと同様のメニューが表示されます。
見えないけどそこに存在している、わけではないようです。

進展がありました。

Alt+F2 で gconf-editor を実行し、 /apps/panel の toplevels で bottom_panel_screen0、top_panel_screen0 ともに orientation を bottom に設定してやると、
デスクトップ上部のスペースが消え、「アプリケーション」「場所」「システム」やQwitのランチャ等がのったパネルが下部に現れました。
それなら、と思いパネルのプロパティで向き「上」を選択すると、また上部にスペースが現れてパネルは画面から消えてしまいました。
とりあえずパネルが使えるようになったので問題はないですが、なぜ最上部でパネルが使用できなくなっているのかは未だにわかりません。

マシン起動時には、デスクトップ最下部にスペース、その上（下から２行目）に「アプリケーション」等がのっかっているパネルが表示されます。
gconf-editor から top_panel_screen0 の orientation を bottom から top にすると、下部はそのまま変わらず最上部にスペースができます。
top から再び bottom にすると、最上部のスペースは消え、下部にはパネルが２つ正常に表示されるようになります。マシン起動時からこの状態なら良いのですが…

また上と同じ手順で bottom_panel_screen0 の orientation を bottom から top にすると、下部の「アプリケーション」等がのっかっているパネルがひとつ下に下がって最下部に表示され、最上部にはスペースができます。
top から再び bottom にすると、マシン起動時の状態（デスクトップ最下部にスペース、その上（下から２行目）に「アプリケーション」等がのっかっているパネルが表示）に戻ります。