すいませんが、便乗させてください（解決方法の回答でなくてすみません）。

VLCの動画再生でチラつきます。
動き（画像の変化量）が激しければ激しいほどに、水平方向でズレが生じます。

私はデスクトップですので、wubuntuさんの外部モニターに相当します。

私の確認した以下４通りの組合わせで改善されませんでした。
　　　オンボードビデオ（AMD製チップ）   or   PCI-Eボード（nVIDIA製）
　　　DVI    or   D-Sub

お力を貸してください。
・・・英語もいちど勉強しなおそうかな（苦笑）。

情報ありがとうございます。たしかに、compiz使っているので、おっししゃるやり方で解決可能かもです。
ただ、出張講演だったので、同じ教室のプロジェクタで試す機会は近い将来にはありません。したがって、自宅の液晶モニターにつないでみました。外部モニターの方が解像度が高いのですが、解像度が自動的に一段落ちました。それでも、動画はちらつきなしに再生できました。それ以降、この問題は棚上にしています。出張講演にはバックアップとして、dell mini 9も持って行きました。それではちらつきなしで再生できました。totemを使いました。あのような出張講演では問題が起こるとバックアップで対応するしかありません。
ちょっと話はずれますが、出張講演の聴衆は外国人で欧州、アジア、北アメリカから来ています。20~25歳ぐらいの学生です。ubuntuを知っているかと訊いたら、7割ほどが知っていました。日本人ではありえません。