数日前のサーバー落ちのせいじゃないんですか?

レポジトリの変更を試してみればいいと思います。

[システム]→[システム管理]→[ソフトウェア・ソース]

で、タブが「Ubuntuのソフトウェア」になってる画面の「インターネットからダウンロード」の[ソースコード]の「ダウンロード元」を変更してみてください。「日本のサーバ」でいくつかミラーサーバーが選択出来ます。そこで変更してみて、もう一回アップデートをやってみてください。