何かのパッケージをダウンロード・インストールする際にネットワーク環境などにより失敗してしまった可能性があります。とりあえず、システム＞システム管理からSynapticパッケージ・マネージャを起動し、左下の「カスタムフィルタ」から「破損」を選んでください。おそらく、そこに破損パッケージが表示されると思いますので、どのパッケージが壊れていたかメモっておいた方がいいかもしれません。

さらに、編集＞破損パッケージの修復を実行してみてください。運が良ければこれで、パッケージが修復されるでしょう(修復されればセットアップヘルパも普通に使えるはずです)。再読み込みボタンを押し、同じくカスタムフィルタ＞破損を選択すると破損パッケージがなくなっているはずです。

それでも修復できない場合は、そのパッケージを右クリックして「完全削除指定」を選び、適用ボタンを押してください。パッケージによっては依存関係によって削除できないかもしれません。その場合はさらにややこしい手順が必要になるでしょうから、どのパッケージが破損しているかを伝えてください。