Xsane に　ネットワークスキャナとして登録しました?
登録の仕方はbrotherのサポートページにあります。
使うスキャナドライバ：DCP-9040CNは「brscan3」ですので、brscan3のdebファイルをDL・インストール（Ubuntuのダウンローダーはインストールまでできます)。ここまではできているようですので、
http://solutions.brother.co.jp/support/ … l_net.htmlを見ながら、
①synapticを開いて、sane-utilsが導入済みか確認。
②アプリケーション→アクセサリ→端末をひらき、sudoなしで、
　「brsaneconfig3 -a name=netscanner model=MFC-9040CN ip=あなたの複合機のアドレス」↓(エンターキー)
(これできちんと登録できますが、model=　は正確に書かないと、「Invalid model name」と怒られます。
③Xsaneを起動し、スキャナを選択（1つの場合は選択できないかも)すると、Xsaneが使えるようになりますので、スキャンをする。

以上です。これはサポートページに書いてあります。何ら特別な技は要りません。
　

funatogawaさん、ありがとうございます。
説明が不足しておりました。すみません。①synapticを開いて、sane-utilsが導入済みか確認。→再度確認→OK。
②で「sudo brsaneconfig3 -a name=netscanner model=DCP-9040CN ip=192.168.011.004」これでもう一度打ってみました。
結果、Xsaneを起動→デバイスをスキャンしています→デバイスの選択画面  Brother DCP-9040CN SCANNER (brother3*net1;dev1)と  Brother DCP-9040CN netscanner (brother3*net1;dev0)の選択画面が現れました。Xsaneのスキャナー登録は、出来ている様です。そして、どちらかを選択してOKボタンを押す→『デバイスを開けません’brother3:net1;dev0':不正な引数です。』と出てきます。どちら側でやっても同じ結果です。
うーん、どうしてでしょう？

「/usr/local/Brother/sane/brsanenetdevice3.cfg」というファイルの中に

DEVICE=netscanner , "MFC-830CLN" , 0x4f9:0x199 , IP-ADDRESS=192.168.011.004

という記述がありますので、『IP-ADDRESS=192.168.11.4』に変更するとどうなるでしょう。
ついでに、前の2行を削除して、1行にすると多分スキャナ選択がなくなるのではないでしょうか。
間違った場合に備え、「brsanenetdevice3.cfg」はコピーを作っておいてください。

funatogawaさん、お世話になります。そして、ありがとうございます。
昨日は、HDDの増設とついでにマシンの掃除をしておりまして、日本語フォーラムは、見ておりませんでした。本日、仕事が終わってから試してみます。IPアドレスの０（ゼロ）はいらないんですね。・・・初歩的な事を知らないもので・・・。ありがとうございます。結果報告は、あらためていたします。それでは。