問題のPDFファイルを他のPCなどで表示させて、正常に表示されることの確認をとることはできますでしょうか。
PDFファイル自体がおかしくなっているかどうかの確認のためです。

PDFファイルはおかしくなくて、Ubuntu側の問題である場合、標準のlanguage-selector-commonパッケージに問題があり、日本語チームレポジトリからの修正版language-selector-commonを入れると解決するという話が少し前にありました。
端末を開いて、

$ apt-cache policy language-selector-common
language-selector-common:
  インストールされているバージョン: 0.5.8

のように表示されるようであれば、
http://www.ubuntulinux.jp/products/JA-Localized
の「Japanese Teamのパッケージレポジトリを追加する」の手順に沿って、日本語REMIX相当の環境にし、システムを再起動して表示が改善するか確認してみて下さい。

$ apt-cache policy language-selector-common
language-selector-common:
  インストールされているバージョン: 0.5.9~ja1

のようにでるようであれば別の原因ですので、その旨、ご連絡下さい。