ちょっと古いブログ記事ですが、
http://ameblo.jp/marusa99/entry-10258978155.html
のような話がありました。もしかしたら、まだ修正されていない不具合なのかも。

https://bugs.launchpad.net/ubuntu/+source/linux/+bug/582955
が対応するバグレポートっぽいのですが、充分な情報が無く、放置されている模様です。

上流で修正されるのを待つか、がんばって必要な情報を追記していただくしか無いかも。。

# なおCDについては、確か、サウンドカードドライバを通さずに直接スピーカに音声データが送られていたかと思います。
# 恐らくそのためにCD再生時だけちゃんと音がなるものと思われます。

音を小さくすると普通に音がきこえるということは、音割れが原因なのではないでしょうか。
ハードウェアでの音量調節ではなく、ソフトウェアで音量調節しているために、クリッピングが生じて音割れしてしまい、それがホワイトノイズになっているようにも思います。
pulseaudioを削除するとどうなりますか。
端末より、

$ sudo apt-get purge pulseaudio

です。
また、これをすると従来の方法で音量調節ができなくなりますので、端末より、

$ sudo apt-get install gnome-alsa-mixer

と入力して、GNOME ALSA ミキサーをインストールしてください。
これにより、メニューのサウンドとビデオから、「GNOME ALSA ミキサー」をクリックすれば、音量を調節することができます。

とりあえずシステムのマスターボリュームをものすごく小さく(でもミュートでは無い)くらいに絞っておくと、当面は凌げそうでしょうか。

>とりあえずシステムのマスターボリュームをものすごく小さく(でもミュートでは無い)くらいに絞っておくと、当面は凌げそうでしょうか。
下げすぎると一定のボリュームで音が全くならなくなってしまうので下げすぎてもダメなようです。。。

>Pulseaudioを再インストールし、pulseaudio-utilsも一緒にインストールしてください。
(Pulseaudioは前回削除した後再インストールしました。)
言われたように実行したところ、下のようになりました。

***********@***********:~$ sudo apt-get install pulseaudio pulseaudio-utils
[sudo] password for ***********:
パッケージリストを読み込んでいます... 完了
依存関係ツリーを作成しています               
状態情報を読み取っています... 完了
pulseaudio はすでに最新バージョンです。
pulseaudio-utils はすでに最新バージョンです。
以下のパッケージが自動でインストールされましたが、もう必要とされていません:
  linux-headers-2.6.32-21 linux-headers-2.6.32-21-generic
これらを削除するには 'apt-get autoremove' を利用してください。
アップグレード: 0 個、新規インストール: 0 個、削除: 0 個、保留: 0 個。


***********@***********:~$ pactl list | grep Volume
    Volume: 0:  16% 1:  16%
    Base Volume: 100%
    Volume: 0: 100% 1: 100%
    Base Volume: 100%
    Volume: 0:   0% 1:   0%
    Base Volume: 100%
        application.name = "GNOME Volume Control Media Keys"
        application.id = "org.gnome.VolumeControl"


100%は越えていないようです。
なにか分かりますでしょうか？・・・

いえいえ、わざわざ分かりやすく教えてくださってありがとうございました。
分かる範囲でいじくってみようかなぁとおもいます。
もし直ったら報告します。

回答ありがとうございます。
ですが自分には何をやっているのかさっぱり・・・

自分で検索したときにも
http://www.alsa-project.org/main/index.php/Matrix:Module-ca0106
は見つけたのですが何をやっているのか分からなくて諦めました・・・

あと、ここにも同じ症状の方がいました。
http://ameblo.jp/marusa99/entry-10258978155.html

まだUbuntuを始めたばかりで分からないことだらけなので、もう少し分かるようになってから試してみようとおもいます。。。

あのあと、あきらめて PluseAudio Volume Control で音量を下げて使っていたのですが、
そのあとなにかいじくったわけではなく何回か起動しただけなのに、今日起動したら起動音がしなかったのであれ？とおもい、
再起動してもやっぱり起動音が鳴らなくて、ためしにYouTubeを見てみたところ、音が鳴らなくて、とうとう音もならなくなったか・・・と思ってボリュームをあげたら・・・・・
あれ？普通に音鳴ってる！
不思議です。。。

ボリュームをすべて最大にしても綺麗に聞こえるようになりました。
なぜ鳴るようになったのか分からないので申し訳ないです。。。

ですが正常に音が鳴るようになってよかったです。

WindowsXP Home SP3とデュアルブートしているのですが、たぶん関係ないと思います・・・

みなさん回答ありがとうございました。

もし直った理由が分かったら報告します。

もしかしたらデバイスの初期化の問題なのかも知れませんね。一度windowsを立ち上げて再起動すると、正しい音量で動くのかも知れません。

蛇足のalsa modulesの情報です。
私の場合、AlsaProjectからModule-emu10k1を導入し、コンパイルして、
最新版のモジュールを組み込んでいます。

普通、自分でコンパイルしたカーネル・モジュールなら、
カーネルがリビジョン・アップする度に再コンパイルして再組み込みが必要なのですが、
不思議なことにこのalsa modulesはその必要がないのです。
何もしなくても、自動的に追随されるのか問題なく動作します。