apt-get updateの結果から、確かに不要なので削除すればよいとのシステムからの提示がよく出ます。

私の経験からですが、よほどHDDに余裕がなくなれば別ですが、普通は一切無視しています。

貴君の言われている様に、中には個人的に必要なパッケージ群がよく含まれています。
このautoremove操作を実行すると、逆に不具合に遭遇する確率が大きくなります。
だから、敢えて私は極力この操作は実行していません。
~$ sudo apt-get update　と　~$ sudo apt-get upgrade
これらのコマンドには派生はしませんので、私の場合、一切問題ないと考えています。

他の方の対処の仕方も、逆に私の場合、参考として聞きたいです。

ちょっと認識の誤りがあったので訂正いたします。

Templer による投稿:

「recommend」依存でインストールされたものでしたら、手動でインストールすれば "手動でインストールした" ことにされ、不要なものとは判断されなくなったように思います。

と、「recommend」依存でインストールされたものと書きましたが、recommendとかは関係なかったようです。
確信とまではいかないのですが、直接指定インストールしたパッケージと、「Section」が「metapackages」や「translations」（他にもある？）となっているパッケージにより直に依存でインストールされたもの、以外でインストールされたものが「extended_states」ファイルに「Auto-Installed: 1」として記されるようになっているようです（と思えます）。

それから言い忘れましたが、GUIのパッケージ管理ソフトでは既にインストールされているパッケージはインストール項目がグレーアウトされてしまいインストール指定できませんので、コマンド（sudo apt-get install ）で行わないと「Auto-Installed: 1」を「手動でインストールした（Auto-Installed: 0）」とすることはできません。（どうやら再インストール指定ではダメなようです）
※ なお、「extended_states」ファイルは直接操作しないでください。


ちなみに私の場合は、ソフトを試すときは依存でインストールされるものも含めてパッケージ情報を控えておきます。
そうしておけば、不要と判断したときにまとめて削除することができますし、削除しようとした時の個数がインストール時の個数と一致しなければ別でインストールした何かが依存しているということもわかりますし、autoremoveの対象になっても必要なものなのか不要なものなのかの判断もできたりします。
このような経緯から、私の環境ではautoremoveの対象になるものといえば、依存関係の変更で宙ぶらりんになったパッケージ（カーネルヘッダーなど）くらいだったりします。

質問に対する正確な回答を求められたので、敢えて調べてみました。

技術評論社で発売されている　やまだ　あきら著　「入門　Debianパッケージ」に記載されています。
P.162〜P.163
不要なパッケージを探す。
　　deborphanパッケージを利用する方法です。

~$ sudo apt-get install deborphan
　　note: deborphanパッケージを導入してください。
....
~$ deborphan
　　note: 依存関係による判断となるが、不要と思われるパッケージリストを標準出力してくれます。
~$ deborphan --all-packages
　　note: ライブラリー以外についても検索するとき、このオプションを指定します。
　　　　そこで、要望されている特定のパッケージを不要とみなさないようにするには、
　　　　--add-keep パッケージ名　と指定します。
　　　　事例
~$ sudo deborphan --add-keep libdns45
　　note: あくまで事例です、必要と指定するパッケージ名に置き換えてください。

蛇足、
指定を解除するには　~$ sudo deborphan --del-keep パッケージ名 です。

他に、P.164にも　興味あるパッケージがありました。
apt-getと連携して、スリムにするために利用するのだそうです。
これも、~$ sudo apt-get install debfoster で導入できます。
なお　関心がある方は、導入してみてください。Helpで必要な情報が得られます。