コマンドを実行するには、普通はパスを指定する必要があります。
しかし、環境変数PATHに登録されているパスに限っては、その指定を省略できます。
このPATHのことを「コマンドサ−チパス」と呼びます。単に「パス」とも言っています。

環境変数PATHを確認するには、上端左にある　アプリケ−ション　→　アクセサリ−　→　端末　と
マウスでドラッグすれば、Gnome端末が起動し、端末によるコマンドが打てるようになります。
uname@XXXXX-XXXXX:~$ echo $PATH (Enterキ−)
　　note: 例) 私の端末での結果です。　当然に、個人的に登録しているパスが違います。
　~$ echo $PATH
/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/opt/real/RealPlayer

システムに予め登録されている環境変数PATHに追加登録を行う場合は、次のようにします。
　~$ PATH=~/bin:$PATH
　　note: PATHに「~/bin」を追加、なお「~」の意味はホ−ムディレクトリを示す特別な記号です。
　　　　この特別な記号として、他に「/」ル−トディレクトリ、「..」親ディレクトリ、「.」カレントディレクトリが
　　　　あります。

さて、ファイルには名前がついていて、本名と別名があり、それぞれ複数持つことができます。
ファイルの本名のことをハ−ドリンク、別名をシンボリックリンクと呼んでいます。

前置きが長くなりました。ここからがトピックの「ショ−トカットでソフトを起動する」への助言です。
シンボリックリンクを活用し、PATHが登録されていることで、ファイルに間接的にアクセスする方法です。
これを行うコマンドが「ln」です。
　~$ man ln
　　note: これでln の説明が提示されます。じっくり読んでください。終了は「q」です。
詳細を述べると、膨大な文書を記載しないといけないので、簡単な説明にします。
Googleにて「シンボリックリンク」等で検索すれば、たくさんの情報が集まると思います。

　~$ cd 目的とするコマンド(com_filename)があるファイルへの絶対パス
　　note: ディレクトリに移行
　~$ ls
　　com_filename
　　note: ファイルがあるのを確認(リスト)
　~$ ln -s com_filename /usr/local/bin/自分で決めた名前
これで登録されますので、起動すると思います。

　~$ ls -l 目的とするコマンド(com_filename)があるファイルへの絶対パス/com_filename
　~$ ls -F /usr/local/bin
　　note: ls コマンドにて、確認できます。

あ、本当ですね。
ご指摘多謝です。 > einundzwanzighundertsechsさん

前述の、

mkdir ~/bin
echo 'export PATH=$PATH:~/bin' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc
ln -s /path/to/target ~/bin/link

は

mkdir ~/bin
source ~/.profile
ln -s /path/to/target ~/bin/link

に訂正します。

# SUB機の方でPATHに~/binが入っていなかったので手動設定しなくちゃと思ってしまったのですが、
# MAIN機の方でみたら、~/.profile以外には~/binにPATH通す設定無しで~/bin以下に置いた
# スクリプト類を実行している自分を発見しました(笑)
# ~/binが存在するときだけPATHに追加されるようになっているんでしたね。。

alias mt='wine ~/.wine/drive_c/Program\ Files/path/to/Mathtyp'

みたいな感じでaliasを設定するのでいかがでしょう。
Pathはそちらの環境に合わせて修正して下さい。

今日は。
ありがとうございます。自分の望んだ結果が出ました。
この命令はaliasというのですね。
勉強になりました。
どうもでした。