https://wiki.ubuntu.com/LucidLynx/ReleaseNotes/ja
>パーティション境界値の変更により、特定のシステムで起動に失敗します
の項目の通り、起動パラメータに partman/alignment=cylinderを追加の上試してみてはどうでしょうか？

前述の通り、手動での設定であれば、MBR形式のパーティションでのインストールも可能なので、上のパラメータを与えても駄目だった場合は、MBRパーティションでの構成を行ってどうなるか確認してみてください。

うちに転がってるのはAWARDなBIOSだったと思うのですが、IntelのATOMな板のBIOSは何か変な実装になってるのでしょうかね？

10.04で大きく変わったパーティションの扱いは、GPTパーティションテーブルの利用と、パーティション開始位置の変更です。
アップグレードで動作する場合は、起動時に動作する中身自体には互換性の問題はないと思われますので、その辺りで当たりの筈です。
セクタサイズが大きなHDD以外ならアップグレードでも特にパフォーマンスへの問題は無いと思われますが、それでもクリーンインストールをしたい場合は、上記のように、条件を以前の物に合わせるような形でインストールを試みてください。

>2TBのHDD＋Ubuntu＋ある種のマザーボードという組み合わせはこれからもっと増えてくると思いますので、事例がたくさん出てこ
>の問題が解決したバージョンが出ると嬉しいのですが。

　前述の通り、「おかしいのはそのマザーボードのBIOS」です。
　BIOSが行うべき処理はブートデバイスにあるブートストラップコードに処理を移すことであって、そこで余計なことをする必然性は本来無く、行うべき処理がないのですから、止まったり、（ほかの状況で認識するにもかかわらず）認識しないなどということが起こることがおかしいのです。
　但し、件の板に付いては「原因を検証した者が居ない」ので、「何が原因かが不定」です。ここにあるのは類似したハードウェアでの検証結果と、原因の特定されない不具合の結果のみです。ですから、提案が二つ、現状を元に書かれることになっています。
　従って、なおのこと「不定な原因に対処されることはありません。」し、それらが解決に寄与するかも現状では不定です。
　そもそも、「2TBだから」駄目なのかどうか？は問題であり、それが「真」ならば、GPTパーティションテーブルを使っているからと推測され、そうでなければ、パーティションの開始位置が原因であると推測することができますが、更に別の問題の可能性もあります。
　前者であれば、パーティションテーブル生成時の閾値の変更程度で「2TBドライブのみは」済むと思いますが、これは手動でパーティションを作成すれば解決します。
　後者であれば、WindowsVista以降もこの位置からのパーティションの生成をしますし、今後はOS側がこの実装になるものです。これは対処をしてしまうことで、逆に特定環境の今後増える構成で著しいパフォーマンスの低下を引き起こす物です。
　どちらも本来の起動ロジックにBIOSが関わるべきではない部分での問題であって、BIOS側が不出来なことが原因ですから、相応の退所はユーザ側もしくは、ハードウェアベンダが修正するべきことです。
　また、それが動作する物か否かを判定する手段はありませんので、精々インストーラにオプションが用意される程度の事だと思われますので、実際に対処された都合が良い物が出ることは無いと思われます。

トピックにはきちんと目を通していますでしょうか？
迷走しているのですが、斜め読みでもきちんと目を通せば概要は見える物と思います。

オプションを指定したときに第一パーティションの開始位置が変更されていることは確認されましたか？
確認の上で開始位置が無指定と同じ場合、オプション指定の作業そのものが間違っている可能性があります。
もちろん、原因が現時点では不定なので、開始セクタの位置が同じであっても、現象が同一の可能性はありますし、作業されたと言うことですから、恐らく原因は開始セクタの位置には無いのでしょう。

作業、報告が正しい前提の場合、少なくとも現象から見える現象としては、BIOSの制限ということに落ち着くと思われます。
GPT自体が、PC/AT由来の物で使うための物ではなく、EFIとセットで出てきた物ですから、該当の板では、「対応外のドライブ」とパーティションから判断していると考えられます。
ブートストラップがMBRに処理を移さない以上、その板では、GPTパーティションを用いたHDDが起動ドライブとして利用できないということになりますので、選択肢はありません。処理が通る場所に書き込まれないのですから、Ubuntu側では板に合わせたインストールを行うしか解は無いと思われます。
報告に抜けや実情との相違があればその限りではありませんが。

>9.10からのアップデートであればGPT形式で動く
という事実は通常のインストールにおいては発生しません。「10.04との違い」として挙げているのですから、挙動は違いますし、「9.10」に近づけてみるというのが提示した内容ですから、明示的に指定しない限りはそのようにはなりませんし、もし、明示的にそのように設定されているのであれば、手動でパーティションを指定しても恐らく無意味です。
既に書かれているとおり、2TB(≠2TiB)以上の容量判定と、使用するパーティションテーブルの形式の変更は10.04LTSで追加された仕様です。GPTが指定される条件は既に書かれていますので確認してください。
9.10で普通にインストールを行った場合、パーティションテーブルは、無条件にMBR形式の物になります。
従って、条件が異なっているのですから結果が異なることは当然ですし、10.04でその制限を回避する設定をしていませんので、動かないのも自明と思われます。
何が引き継がれ、何が違うのかは把握しないと状況を誤認することになります。

だとするとパーティションテーブルを変更しても意味はないかも知れませんね。
リリースノートでの指定なので、オプションの指定については正しく行われれば、従来と同じ位置を利用するとは思いますが、その結果が確認できていないことは一つの不定要素です。

書き込んでいただいたパーティションテーブルは、GPTで、grub2で構成されているようなので、9.10でインストールした場合に提示されたパーティション構成になり、且つ起動するようなら、GPTが原因ということもないように思います。
流れから、変更点かと思ったのですが、実際の実装はそれ以前なのかも知れません。だとするといつ修正されたのかはわかりかねますが、それによる問題の発生は特に無かったような雰囲気ではあります。
少なくとも、grub2が使えないのなら、9.10でも同様になるはずですし、インストーラは基本的には同様です。
インストール処理の最後にgrub2はインストールされていて、それは10.04も同じですが、後はブートストラップが動作しないとすれば、動作するバイナリが書き込まれていないとか、データが化けているとか、署名が無い等になるとは思うのですが、実際多くの環境では動いているので、考えにくくはありますし、ハードウェアやドライバの問題なら、類似したハードウェアでも同様の症状になっていて良さそうですが、動作していますので、ハードウェアやそのドライバに起因しているとも考えにくいです。
あとは、MBR周辺をダンプして9.10と10.04で差分を取り、書き込まれていなかったり、若しくは、変更されている部分があるようならその辺りが怪しいということになるのですが、とりあえずは、動作しない環境で、きちんとMBRにブートストラップのコード自体が存在しているのかどうかを確認する必要もありそうです。
基本的には、grub2自体が本当に無効か、BIOSがわざわざ何かを見て無視していなければ処理は遷移するはずで、且つ、書き込み自体が行われないようなコードなら他でも動作しないケースが出てもおかしくないのですが、ハードウェア的には類似した物であっても同様であることから、ATOMや、周辺チップセットに起因する問題では無いと思われます。
固有の問題だとは思うのですが、grub2で、且つ、GPTでも起動するシステムが9.10で構築できているのなら、明らかな構成上の違いは開始セクタの位置くらいしか思い当たらないのですが。

はじめまして。
最後の書き込みから2ヶ月経っているのでもう参照されることはないのかもしれませんが、解決する手順が見付かったため一応ポストしておきます。
(フォーラム等ざっと検索してみたのですが、他に困っている方は居らっしゃらないようですね…)

現象: Intel D510MOマザーボード+2TB HDDにUbuntu 10.04 LTSをインストールするが、再起動してもHDDを起動ドライブとして認識しない

環境:
　MB: Intel D510MO(BIOS Ver.0175)
　CPU: Intel ATOM D510(1.66GHz)
　MEM: Transcend DDR2-800 Dual Channel 4GB
　HDD: Seagate ST32000542AS(2TB)
　DVD: Sony Optiarc DVD RW AD-7700S

インストール:
　メディア: Ubuntu 10.04 LTS 日本語 Remix CD
　選択肢: アジア.日本時間
　　　　　USA.USA
　　　　　ディスク全体を削除してから使用する
　　　　　ログイン時にパスワードを要求する

原因: HDD容量が2TB有るため、10.04インストーラはインストールパーティションとしてGPTを選択する。
　　　GPTパーティションからの起動となるため、インストーラはMBRのブート可能フラグには特に何も設定しない。
　　　しかし、当BIOSは起動の際にGPTパーティションより先にMBRのブート可能フラグを参照してしまう。
　　　上記理由によりフラグは設定されていないため、インストールしたHDDは起動ドライブとみなされない。
　　　ブート可能フラグが設定されていれば、GPTパーティションを認識しブートが可能となる。

対処: インストール終了後に再度Ubuntu 10.04 LTS 日本語 Remix CDから起動し「Ubuntu 10.04 LTS を試す」を選択。
　　　「アプリケーション→アクセサリ→端末」を起動。
　　　「sudo fdisk /dev/sda」としてfdiskを実行。
　　　「a」「1」「w」と入力してブート可能フラグを設定。
　　　(fdisk実行の際いろいろと警告メッセージが出ますが無視します。)

参照したのは以下のページです。(google: d510mo ブート gpt)
http://www.memorize-being.net/2010/02/23/a-problem-on-zfsroot-boot-at-freebsd-80-release.html
FreeBSD界隈では既知の問題のようですね。

結論から言うと#36の発言が正しかったわけですが、fdiskを起動する際に
「GPT (GUID パーティションテーブル) が '/dev/sda' に検出されました! この fdisk ユーティリティは GPT をサポートしません。GNU Parted を使ってください。」
と警告されるので、確信無しで実行するには蛮勇が必要だったかと思います。

一番最初に質問された方もIntelでATOMなマザーボードのため同じ原因かもしれません。
が、動作環境が無いので確認はしておりません。悪しからず。

初投稿です。
D410PTでUSB stickのbootがうまくいかず試行錯誤しましたが、起動できたのでメモ。
＃自動インストールでは起動しませんでした。
ポイントは下記の通り。
・patdedでusb stickにGPT作成
・GPTを壊さないように、パーティションを手動設定。/,swapを作成、マウントポイントを指定
あとは普通にインストール。
fdiskのbootフラグ、partedのbios_bootフラグも必要ありませんでした。

ubuntu-ja-10.10-desktop-i386.iso
intel D410PT
memory N/B 1Gbyte
usb stick SHD-LV16GS-BK
hdd,DVD none

手動コピペですが、参考までに。
sda1 ext4
sda2 swap

> $ sudo head -c 1b /dev/sda | tail -c 66 | hd

00000000  00 00 01 00 ee fe ff ff  01 00 00 00 ff ff dd 01  |................|
00000010  00 00 00 00 00 00 00 00  00 00 00 00 00 00 00 00  |................|
*
00000040  55 aa                                             |U.|
00000042