winffはffmpegのGUIフロントエンドで制限が多いのですが、ffmpegでコマンドを直接打って変換することでより多くの形式に変換できます。

「ffmpeg -codecs」とすると変換可能なコーデックが、「ffmpeg -formats」とすると変換可能なフォーマットが表示されます。
デコードはできるがエンコードはできないということがあるので注意してください。

基本的には以下のコマンドで変換します。

ffmpeg -i 変換元動画ファイル -f フォーマット -vcodec 映像コーデック -acodec 音声コーデック 変換先ファイル

映像コーデック、音声コーデックとも様々なオプション(フレームレート、ビットレート等)を付け加えることができます。
オプション説明は http://mobilehackerz.jp/archive/wiki/index.php?FFMPEG%20USAGE が参考になります。いろいろなオプションを試し、最適な設定を探してみるといいでしょう。

また、以下のコマンドでextraパッケージを導入すると変換可能なコーデックが増えます。

sudo apt-get install libavcodec-extra-52 libavformat-extra-52