「Dist」モードでRemastersysを使っていると思いますので、
RemastersysのGUIで「Modify」を選択し、「Username」の項目で自動ログインに使用しているユーザと同じ名前を設定してください。
これで、

・LiveCDで使われる一時的なユーザの名前が「ubuntu」から設定したものとなる
・HDDのシステムに保存されている自動ログインの設定(/etc/gdm/custom.conf)をremastersysがLiveCDに取り込む
・LiveCDシステムが取り込んだ自動ログインの設定でログインしようとする
・自動ログインの設定と一時的なユーザの名前が同一なのでログインに成功する

となります。

追記：
念のため、Backup (Backup CompletesSystem including User Data) でやり直してみたら、インストールせずに起動すると壁紙以下初期画面がパネルの「アプリケーション」「システム」、firefoxのブックマーク、入力システムなど同じで、USBモニターが点滅していなければ通常にマシンを起動したのと変わりません。これで再インストールテストをせずにすみそうです。どうも有難うございました。

追記：
windowsマシン(ノート）にデュアルブートでインストールしました。背景が初期化されていただけで、それ以外は引き継がれていました。windows7に慣れるのが億劫なのでもっぱらubuntuを使うことになりそうです。