Dr. Tomochan と申します。

周知事項かもしれませんし、場違いかもしれませんが、10.10でATOKのインストールに成功したので、参考にしてください。

10.10では１０．０４までと同じ手順ではATOKがインストールできません。
（Ubuntu Magazine Japan等で紹介されている手順です。）
パッケージ管理システムの制約事項と関係しているようです。（Ubuntu道場でそんな記述があったような）
具体的には
   sudo bash ./setupatok_deb.sh
のところで頓挫します。
そこで、ディレクトリ内を調べると
   setupatok_tar.sh
とか
   setupatok_up2_tar.sh
とかがありました。
「たぶん、deb形式を使わずにインストール（アップグレイド）を実行するのでは？」
と思い、
sudo bash ./setupatok_deb.sh や sudo bash ./setupatok_up2_deb.sh の代わりに
sudo bash ./setupatok_tar.sh と sudo bash ./setupatok_up2_tar.sh としたところ
インストールに成功しました。

以下、実行コマンド等の手順を添付しますので、参考にしてください。
(実行する場合は、自己責任でお願いします。)
atokx3up2.tar.gz
atokx3gtk216.tar.gz
iiimf_status_hide.gz
は、Just SystemのHPからDownloadしておいてください。
----------------------- Begin -----------------------------
sudo touch /etc/gtk-2.0/gtk.immodules
cd /media/cdrom (cd ATOKX3)
sudo bash ./setupatok_tar.sh
cd ..
tar xf atokx3up2.tar.gz
cd atokx3up2
sudo bash ./setupatok_up2_tar.sh
cd ..
sudo tar xf atokx3gtk216.tar.gz -C /
sudo bash /opt/atokx3/sample/setting_debian4.sh

一旦、logout

gzip -d iiimf_status_hide.gz
sudo mv iiimf_status_hide /opt/atokx3/sample/
sudo chmod +x /opt/atokx3/sample/iiimf_status_hide
sudo gedit /etc/X11/xinit/xinput.d/iiimf
最終行に
/opt/atokx3/sample/iiimf_status_hide
を追加しセーブ
----------------------- End -----------------------------