ファイルシステムでは通常4KB単位でディスク上のデータを管理します。
　例え1KBのファイルでもハードディスク上では4KB消費します。
　これらの表現上の差異がそのような二つの表記となって表れているのでしょう。

# GNOMEが手元にないのでGNOMEの表示に自信なし＞＜

　具体的な情報がないのでなんとも答えられません。
　GNOMEを起動して検証しようとしましたが、ドライブ？のプロパティを開いてもファイルの総使用量とディスクの使用量のような項目は見当りませんでした。
　具体的に調べようとした領域名とそれぞれのサイズ、詳しい再現手順を報告してください。

ファイルの総数などが書かれている付近に「(いくつかのファイルは読み込み不可です)」と表示されていませんか？

ディスクの使用量 => ディスク全体の使用量
ファイルの総使用量 => ファイル一つ一つを調べ上げた合計サイズ

ファイルの総使用量に読み込み不可のファイル、ディレクトリが含まれていないことが原因と思われます。

ファイル総使用量が1.7GBでディスク使用量が3.88GBです。

あれ、2倍以上になってる・・・。なんで？